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Département Virologie

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  • Mardi 3 mars 2015 11:00-12:00 - Laura DELGUI - Mendoza, Argentine

    Infectious Bursal Disease Virus uptake Involves Macropinocytosis and Trafficking to Early Endosomes in a Rab5-dependent Manner

    Résumé : Infectious Bursal Disease Virus (IBDV) internalization is sparsely known in terms of molecular components of the pathway involved. To describe the cell biological features of IBDV endocytosis, we employed perturbants of endocytic pathways such as pharmacological inhibitors and overexpression of dominant negative mutants. Internalization analysis was performed quantificating infected cells by immunofluorescence and Western blot detection of the viral protein VP3 at 12 hours post-infection reinforced by the analysis of the capsid protein VP2 localization after virus uptake at 1 hour post-infection. We compared IBDV infection to the internalization of well-established ligands with defined endocytic pathways : transferrin, cholera-toxin subunit B and dextran. To describe virus endocytosis at the morphological level, we performed ultrastructural studies of viral internalization kinetics in control and actin dynamics-blocked cells. Our results indicate that IBDV endocytic internalization was clathrin- and dynamin-independent and that IBDV uses macropinocytosis as the primary entry mechanism. After uptake, virus traffics to early endosomes and requires exposure to the low endocytic pH as well as a functional endocytic pathway to complete its replication cycle. Moreover, our results indicate that the GTPase Rab5 is crucial for IBDV entry supporting the participation of the early endosomal pathway in IBDV-internalization and infection of susceptible cells.

    Lieu : Bâtiment 14 - Campus de Gif-sur-Yvette

  • Lundi 7 décembre 2015 11:00-12:00 - Dr Marion Lussignol - King's College, London

    Novel role for the nucleoporin Nup98 in Hepatitis C virus assembly.

    Résumé : Marion Lussignola, Gema Vizcayb, Roland A. Fleckb and Maria Teresa Catanesea

    aDepartment of Infectious Diseases, King’s College London, London SE1 9RT, UK ; bCentre of Ultrastructural Imaging, King’s College London, London SE1 9RT, UK ;
    The success of HCV at establishing chronic, silent infections lies in its ability to exploit cellular factors to its own advantage, ultimately overcoming the antiviral responses mounted by the host. Over the last few years, with the advent of a cell culture system to propagate HCV in vitro, tremendous progress has been made in our understanding of the complete virus life cycle. However, the steps leading to the formation of infectious HCV particles and the host factors involved are still not fully characterized.
    To gain insights into the process of hepatitis C virus (HCV) assembly and the host factors involved, we performed compositional studies of virions purified from culture media of infected cells. We found the nucleoporin Nup98 incorporated in extracellular HCV virions. This is a surprising finding since Nup98 is a component of the nuclear pore complex (NPC), whereas HCV replicates in the cytoplasm.
    We describe a novel interaction between Nup98 and the capsid protein, Core. Using immunofluorescence and immuno-electron microscopy we demonstrate that in infected cells Nup98 re-localizes to cytosolic lipid droplets, where Core is stored. Moreover, we show that Nup98 interacts with the viral genome. Finally, viral assays designed to study distinct steps of HCV life cycle allowed us to determine that Nup98 is required for virion assembly/release.
    To date, viruses have been described to target Nups to cross the nuclear envelope and/or to control host transcription. In contrast, our proteomics, biochemical and ultrastructural data suggest that HCV exploits Nup98 to transport virion structural components, thus coordinating virion assembly.

    Lieu : Salle de séminaire - Bâtiment 14C, campus de Gif

  • Mardi 12 janvier 2016 11:00-13:00 - Monika Bajorek - Institut Pasteur et VIM

    New host factors important for Respiratory Syncytial Virus replication revealed by a microfluidics protein screen

    Résumé : The interface between viral and host proteomics is particularly difficult to study due to the fact that viral proteins are usually multifunctional and thus their interaction with the host is complex and transit. We have used a unique protein microarray to map interactions between the human respiratory syncytial virus (RSV) proteins and their host targets. RSV is the most common cause of bronchiolitis and pneumonia in infants and elderly worldwide but there is no licensed RSV vaccine or effective drug treatment available. The RSV Matrix (M) protein plays key roles in virus life cycle, being found in the nucleus early in infection in a presumably transcriptional inhibitory role, and later localizing in viral inclusion bodies (IBs) before coordinating viral assembly and budding at the plasma membrane, but its interaction with host proteins and what role they play in RSV infection are largely unknown. Similarly, the cytoplasmic tail of the Fusion (F) protein is critical for RSV budding and was suggested to recruit essential host factors during viral assembly, but its protein host targets are yet unknown. We address this using a novel, high throughput microfluidics protein array and custom human ORF library to identify a range of interactors of RSV M and the cytoplasmic tail of F for the first time. Identified host targets of M included proteins involved in host transcription regulation, the innate immune response, the cytoskeleton regulation, membrane remodelling and subcellular trafficking. We confirmed a selection of these interactions by immunoprecipitation, split luciferase assay, cellular colocalization approaches, and functional assays. A number of microfluidics based assays have already provided novel insights into the viral-host interactome, and the results have important implications for future antiviral strategies aimed at targets of viral protein interactions with the host.

    Lieu : Salle de séminaire - bâtiment 14C - Campus de Gif

  • Mardi 23 février 2016 11:00-13:00 - Marion DURIEZ - University College of London, UK

    Deciphering virus-host interactions with HBV and HIV-1 : from the hijack of cellular pathway and the modulation of immune cells to the detection of viral replication by innate immunity

    Résumé : Virus infections involve various mechanisms to favour or to control the viral infection. For example, at the materofetal interface, macrophages of the decidua (uterine mucosa ; dMs) are permissive to HIV-1 and through cell-to-cell contact could infect placental cell. However, HIV-1 mother to child transmission is rare. The innate immunity of the decidua is involved in this control, which is regulated to maintain the tolerance of the foetus while it inhibits dMs HIV-1 infection. Indeed, both dMs and decidual NK cells (dNK) sense pathogen pattern through TLRs and induce a profile of cytokine compatible with the mounting of a immune response and the maintenance of the pregnancy. We observed that soluble factors of the decidua inhibit dMs HIV-1 infection at the entry step and that dNK cells could restrain HIV-1 dMs infection. Investigation of ligands of NK receptors at the cell surface of infected dMs reveals an up-regulation of NKG2D and CD85j ligands underlining a crosstalk between HIV-1+ dMs and dNK cells to limit HIV-1 infection.
    Viruses also hijack intracellular pathways and modulate immune cells to replicate and persist in the infected host, notably HBV, which can persist in the liver inducing chronic hepatitis and hepatocarcinome.
    HBV Precore P22 protein is addressed to the secretory pathway, maturated and secreted as HBe antigen. We showed that a small proportion of Precore was retro-transported through the ER-associated degradation pathway (ERAD) to reach the cytoplasm. Interestingly, this cytoplasmic Precore protein could form heterocapsids with Core/P21 protein suggesting that these heterodimers can reduce the replication of HBV particles.
    Another HBV protein HBSP, can also limit liver pathogenesis. HBSP is expressed from a spliced mRNA (SP1RNA) and was reported to increase with the severity of liver disease. We observed that SP1RNA expression was enhanced under liver fibrosis in HBV transgenic (Tg) mice. Surprisingly, whereas wild-type (WT) mice displayed a severe liver fibrosis, liver pathogenesis in TgHBSP mice was limited to a mild fibrosis. In TgHBSP mice, intrahepatic macrophage population was reduced compared to WT animals, leading to a less pro-fibrotic environment. We showed that macrophages recruitment in the liver was impacted through a decrease of CCL2 expression in TgHBSP mice. In HBV replicating human hepatocyte cell line, HBSP conserved it’s ability to decrease CCL2 expression. Moreover, chronic HBV patients expressing SP1RNA displayed a reduced CCL2 mRNA level compared to HBV patients that do not express HBSP. These results highlight the ability of HBSP protein to limit liver pathogenesis through a modulation of macrophage recruitment.

    Lieu : Bibliothèque - bâtiment 14 - Campus de Gif

  • Mardi 29 mars 2016 11:00-12:00 - Dr Arnaud MORIS - Centre d’Immunologie et des Maladies Infectieuses, CIMI Paris, UPMC, INSERM U1135

    Learning from Immunity to understand Viruses

    Résumé : Les virus ont mis au point des procédés permettant de manipuler les réponses de l’hôte. En particulier, ils affectent les fonctions des cellules dendritiques, qui coordonnent les réponses immunes. Nous travaillons à l’interface entre l’immunologie et la virologie, plus particulièrement sur les interactions entre le VIH-1 et les cellules dendritiques. Nous caractérisons les mécanismes cellulaires impliqués dans la présentation des antigènes viraux aux lymphocytes T. Nous étudions également les mécanismes d’échappement développés par les virus.
    Nos travaux seront illustrés à travers deux exemples :
    - Les antigènes dérivés de phases alternatives de lecture : l’exemple de la protéine ASP (AntiSense Protein) du VIH-1.
    - Le rôle de l’autophagie dans la présentation des antigènes et dans la réplication du VIH-1.

    Lieu : Salle de séminaire - Bâtiment 14C, Campus de gif

  • Mardi 5 avril 2016 11:00-12:30 - Caroline BLONDEAU - Université de Liège, Belgique

    From one Herpesvirus to another one

    Résumé : Herpesviruses are fascinating enveloped DNA viruses infecting humans and animals, and having the capacity to stay latent in their host. They have a very complex viral cycle starting with the entry of a capsid in the cell cytoplasm after fusion of the viral envelope with the plasma or an endocytic membrane. Released capsid is transported to the nucleus where DNA is injected to be transcribed, replicated and structural proteins synthesized. To exit the nucleus, new formed capsids bud through the inner nuclear membrane and very quickly lose their temporary envelope by fusion with the outer nuclear membrane. Capsids in the cytoplasm are then enveloped by budding into cytoplasmic vesicles derived from TGN, or endosomes, where they acquire their mature tegument and viral envelope proteins. Finally, virions are released by exocytosis in the extracellular medium or directed to neighbor cells. Different aspects of the viral cycle and relationships with their host of three herpesviruses will be presented, one avian (Marek’s disease virus, MDV) and two human (Herpes simplex virus 1, HSV-1, and Varicella and zoster virus, VZV). In particular, the role of an identified viral protein complex in capsids nuclear egress, characterization of viral release restriction by an IFN-induced protein and associated viral antagonism, and the role of a tegument protein and some of its identified protein partners in cell-to-cell viral spreading.

    Lieu : Salle de séminaire - bâtiment 14C - Campus de Gif

  • Mardi 5 juillet 2016 14:00-15:00 - Victoria Green - ETH Zürich

    A Systems Survey of Progressive Host Cell Reorganisation During Rotavirus Infection.

    Résumé : Pathogen invasion is often accompanied by widespread alterations in cellular physiology, which reflects the hijacking of host factors and processes for entry and replication. Although genetic perturbation screens have revealed the complexity of host factors involved for numerous pathogens, it has remained challenging to disentangle this complexity along the progression of host cell reorganization during the infection process. We combine high confidence genome-scale RNAi screening of rotavirus infection in human intestinal cells with an innovative approach to infer a continuous trajectory of virus infection progression from fixed cell populations. This reveals a comprehensive map of host cellular processes involved in rotavirus infection, including RNA processing and translation, membrane and organelle organisation, and lipid metabolism, and show the dynamics of this cellular reorganization as virus infection progresses. Our work provides a powerful approach to order the complexity of host cellular requirements along a trajectory of cellular reorganization during pathogen invasion.

    Lieu : Bibliothèque - Bâtiment 14C, Campus de gif

  • Mardi 6 septembre 2016 11:00-12:00 - Li Rung Huang - Institute of Molecular and Genomic Medicine, NHRI, Taiwan

    Striding across Local Barriers in the Liver : A Novel Concept for Immunotherapy

    Lieu : Salle de séminaire - Bâtiment 14, Campus de Gif

  • Vendredi 28 octobre 2016 11:00-12:00 - Professor Elena V Orlova - Birkbeck College, London, UK

    Advances in Single-Particle Cryo-EM and their implications for research of viral systems illustrated by studies of the SPP1 phage

    Lieu : Salle de séminaires - bâtiment 14C - Campus de Gif-sur-yvette

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  • Mercredi 30 septembre 2015 14:00-16:30 - Jovan Niikolic - I2BC - , Département de Virologie

    Analyse fonctionnelle et dynamique des corps de Négri, usines virales induites par le virus de la rage

    Lieu : salle bibliothèque des génétiques - Campus de Gif

  • Mercredi 30 novembre 2016 14:00-16:30 - Emeline Vernhes

    Maturation de la capside du bactériophage T5 : étude structurale et fonctionnelle de la protéine de décoration pb10

    Résumé : Le bactériophage T5, qui infecte la bactérie Escherichia coli, est constitué d’une capside icosaédrique renfermant un ADN double brin et d’une queue permettant le transfert de son ADN dans le cytoplasme de la cellule hôte. Au cours de la morphogénèse, la capside et la queue sont assemblées séparément puis connectées pour former les particules infectieuses. La capside de T5 est d’abord assemblée sous forme d’une procapside vide constituée de 775 copies d’une protéine unique qui s’organise en hexamères et pentamères pour former respectivement les faces et les sommets de l’icosaèdre. Un des sommets est occupé par la protéine portale qui constitue un pore d’entrée pour l’ADN. L’encapsidation du génome à travers le canal portal, assurée par un moteur moléculaire, provoque l’expansion de la procapside. La capside pleine d’ADN est ensuite décorée par la protéine pb10 qui se fixe sur sa surface externe, au centre des 120 hexamères, et elle est fermée par la protéine p144 qui constitue le point d’ancrage pour la queue.
    Les objectifs de ma thèse étaient de déterminer la structure, la fonction et le mécanisme de fixation à la capside des deux protéines pb10 et p144. J’ai produit et purifié la protéine de fermeture p144 dont la structure et les caractéristiques de fixation sur la capside seront prochainement étudiées. J’ai résolu la structure de la protéine de décoration pb10 en solution par résonance magnétique nucléaire (RMN), ce qui a révélé une protéine formée de deux domaines. Le domaine N-terminal structuré en hélices alpha se fixe à la capside, alors que le domaine C-terminal, de type immunoglobuline, est exposé au solvant. La détermination des constantes cinétiques d’association et de dissociation par résonance plasmonique de surface (SPR) a permis de montrer que pb10 se fixe sur la capside de T5 de manière quasi-irréversible, avec une affinité de l’ordre du picomolaire. Des expériences de mutagenèse dirigée sur le domaine de fixation de pb10 indiquent que cette forte affinité repose sur un réseau d’interactions électrostatiques et hydrophobes. J’ai démontré que pb10 participe à la stabilisation de la capside de T5 par des techniques de calorimétrie différentielle à balayage (DSC) et thermo-fluorescence (FTSA). Par ailleurs, j’ai démontré qu’il était possible de fusionner des protéines de grande taille au domaine C-terminal de pb10 sans affecter sa haute affinité pour la capside. J’ai ainsi pu fonctionnaliser des capsides avec une protéine d’intérêt fusionnée à pb10. Ces résultats ouvrent la voie vers diverses applications, dont la présentation d’antigènes en vue de créer de nouveaux vaccins.
    Directeur de thèse : Pascale Boulanger. Équipe : Bacteriophage T5

    Lieu : Salle Lederer - Bâtiment 430, campus d’Orsay

  • Jeudi 8 décembre 2016 14:00-17:30 - Karima DJACEM - I2BC

    Mécanisme moléculaire de reconnaissance et clivage du génome du bactériophage SPP1, un virus à ADN double-brin

    Résumé : La reconnaissance spécifique du génome viral et son encapsidation est une étape cruciale pour l’assemblage de particules virales. Chez SPP1, comme chez d’autres bactériophages à queue, le moteur moléculaire qui encapside le génome viral est composé de la terminase, une enzyme hétéro-oligomérique qui possède une activité ATPasique et nucléasique, et de la protéine portale, un oligomère cyclique par lequel l’ADN viral est transloqué. Dans un grand nombre de ces virus, l’encapsidation de l’ADN est initiée par la reconnaissance et le clivage d’une séquence spécifique nommée « pac ». C’est un évènement qui se produit une seule fois au début d’une série de cycles d’encapsidation processive à partir d’un concatémère issu de la réplication du génome du phage. La région pac de SPP1 contient deux séquences (pacL et pacR) où TerS (gp1) se lie entourant la région (pacC) où TerL (gp2) coupe l’ADN de SPP1.
    Ici, nous montrons qu’une région de la séquence pacL et qu’un motif polyadénine de pacR agissent ensemble pour promouvoir le clivage en pacC. La dégénération de la région pacC n’a pas montré d’effet sur que le clivage endonucléolytique qui a lieu à une position bien définie de pacC avec une précision de 6 pb. Des études avec des phages proches de SPP1 ont montré une conservation dans la position du clivage, malgré des variations dans pacC, pacR ou dans la distance entre pacL et pacC. Les données sont compatibles avec un modèle dans lequel TerS interagit spécifiquement avec la région pacL, sur laquelle le multimère cyclique TerS doit s’enrouler, et le motif polyadénine de la région pacR. Le complexe nucléoprotéique résultant va créer un contexte structural qui permet de recruter et positionner le domaine nucléase de TerL pour une coupure très précise sur pacC sans spécificité de séquence.

    Lieu : Bibliothèque des Génétiques - Bâtiment 13a - Campus de Gif-sur-yvette

  • Lundi 11 avril 2016 09:00-17:30 -

    Journée du Département de Virologie de l’I2BC

    Résumé : Programme (pdf)

    Lieu : Auditorium - bâtiment 21 - Campus de Gif

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