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Domaines d’expertise

Développement de pipelines d’analyse NGS

Nous développons des chaines de traitement pour permettre aux équipes de réaliser des analyses de type RNA-seq, portant sur différentes questions : identification de nouveaux gènes non-codants, identification d’événements d’éditing, réannotation des génomes, mesure d’expression différentielle, recherche d’événements d’épissage/processing alternatif. Ces outils sont utilisés notamment pour des projets d’étude de l’expression des gènes chez les bactéries, les archées, les champignons, les insectes, les mammifères, les plantes, et la cellule tumorale humaine. Nous réalisons également des outils pour l’analyse de données de traduction par ribosome profiling chez la levure.

Nous réalisons également des chaînes de traitement pour l’assemblage de novo et le reséquençage des génomes (détection de variant). Ces pipelines sont appliqués aux champignons, aux levures et aux bactéries ainsi que pour de l’assemblage d’ADN ancien de mammifère et des analyses de métagénomique 16S et ADN total.

Aide à l’utilisation des ressources de calcul

La plateforme eBio assiste de nombreuses équipes dans leur utilisation du cluster de calcul de l’I2BC pour leurs propres projets d’analyse de données NGS, notamment pour l’étude de l’expression des génomes, l’analyse de métagénomes et l’assemblage de génomes.

Maintenance et développement de bases de données génomiques

Plusieurs bases de données d’audience internationales sont déployées et maintenues par la plateforme, notamment les bases CRISPRdb, MLVA, Minisat, Nucleic Acid Phylogenetic Profiles. Des serveurs web sont déployés pour mettre à disposition de la communauté des travaux en cours de publication, via diverses interfaces. L’ensemble des bases de données développées et maintenues par les partenaires de eBio est visible sur : http://ebio.u-psud.fr/eBIO_BDD.php

Déploiement de services auprès des laboratoires

L’accès à une expertise bioinformatique de qualité est un goulot d’étranglement important de la recherche en biologie. Une activité importante de la plateforme consiste à mettre à disposition d’un public non bioinformaticien des outils performants d’analyse génomique. Nous avons fait le choix pour cela du système Galaxy (http://galaxyproject.org/) qui offre à la fois une interface conviviale et un gestionnaire de workflow.

Participation aux réseaux nationaux

La plateforme fait partie du réseau national des plateformes de Bioinformatique (ex IBISA/RENABI, aujourd’hui Institut Français de Bioinformatique) et du réseau France Génomique : https://www.france-genomique.org/spip/spip.php?page=plate-formes

par Marion Blin - publié le , mis à jour le