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Evenements 3D_CHROME

3D_CHROME : 3D CHRomosome Organization : from single Molecule to Evolution

Coordinatrice : Mireille Bétermier (I2BC)

L’Initiative de Recherche Stratégique (IRS) 3D_CHROME regroupe une communauté de 48 équipes de biologistes expérimentalistes, bioinformaticiens, physiciens et mathématiciens affiliés à 14 instituts différents de Paris-Saclay, et soutenus par des plates-formes technologiques de pointe en imagerie et séquençage. S’appuyant sur l’expertise des équipes 3D_CHROME, qui étudient un large éventail d’organismes modèles issus de tous les domaines du vivant, notre objectif est de mettre en place un réseau multidisciplinaire de recherche et de formation axé sur l’organisation tridimensionnelle des génomes, qui apparait comme un acteur majeur du contrôle de la dynamique des chromosomes et des processus biologiques. Pour l’I2BC, dix-neuf groupes de recherche et deux plates-formes participent activement au réseau.

Les principaux objectifs scientifiques de 3D_CHROME sont les suivants :
(I) développer des techniques innovantes de microscopie pour l’imagerie des chromosomes et de la chromatine dans les cellules vivantes afin d’analyser les mécanismes moléculaires complexes qui agissent sur l’ADN.
(Ii) développer des outils originaux de génomique à haut débit pour révéler les assemblages génomiques et les interactomes 3D à l’échelle de la cellule unique.
(Iii) stimuler des collaborations interdisciplinaires pour étudier la dynamique de l’organisation 3D du génome pendant les processus biologiques et identifier les déterminants de l’organisation spatio-temporelle du génome en combinant des stratégies de modélisation expérimentales et théoriques.
(Iv) examiner l’impact réciproque de l’organisation 3D du génome sur l’évolution du génome.

3D_CHROME a reçu le label Paris-Saclay en octobre 2016. Grâce au soutien financier du Département des Sciences de la Vie, du LABEX PALM, du LABEX SPS et à la contribution des plateformes d’imagerie et de séquençage de l’I2BC, trois ateliers auront lieu en 2017.


- Imagerie multi-échelle de la cellule et des structures moléculaire (Sept 18-19, 2017)
L’objectif de l’atelier est de partager notre expertise sur les approches de pointe en imagerie cellulaire et moléculaire, de l’imagerie des cellules vivantes aux analyses structurales à haute résolution. L’atelier comprendra des présentations d’équipes 3D_CHROME, trois tables rondes axées sur les aspects technologiques, une session poster et les conférences de deux scientifiques invités.
Information et inscription : https://multi-im2017.sciencesconf.org/


- Modélisation de la structure 3D du génome – Apport de la génomique et de la microscopie (Oct 2-3, 2017) :
L’atelier sera axé sur la modélisation de l’organisation 3D génomique / nucléaire, avec des conférences données par sept ou huit conférenciers invités ayant une expertise en biologie expérimentale ou en modélisation de données.
Information et inscription : https://mgo2017.sciencesconf.org/


- Les développements récents du séquençage Nanopore (Oct 9-10, 2017)
L’atelier se concentrera sur le séquençage Nanopore. Les conférences seront tenues par des invités externes et des membres du réseau 3D_CHROME.
Information et inscription : https://pfseqnanopore.sciencesconf.org/

publié le , mis à jour le

Agenda

  • Du 18 septembre 09:00 au 19 septembre 13:30 -

    3D-CHROME Workshop : "Multiscale imaging of cells and molecular structures"

    Résumé : Multi-im2017 Workshop - "Multiscale imaging of cells and molecular structures"
    Imaging cells and molecular structures at the highest resolution has proven to be essential to study chromatin organization and cell cycle choreography of chromosomes, but also to analyze complex molecular machineries that act on DNA. During multi-im2017 one day and a half workshop, 3D_CHROME experts will share their knowledge on state-of-the-art imaging techniques, from live-cell imaging to high-resolution structural analyses. Keynote talks will be given by two external invited speakers.
    multi-im2017 is organized in two sessions
    - Cell-cycle choreography of chromosomes
    - Replication, Recombination, and Repair
    Join us as well for the three round tables (Live cell Imaging / AFM, EM, cryoEM / Super-resolution) and one Poster Session
    The workshop will take place on September 18-19, 2017 in Gif-sur-Yvette, France.
    The workshop is aimed at scientists with background in biology and imaging, including PhD students, engineers, young and senior scientists. Participation in the workshop is free but with obligatory registration (see Registration page on this website). Registration is limited to 150 participants, on a first-come basis.
    Invited Speakers
    Marcelo Nollmann, CBS (Centre de Biochimie Structurale de Montpellier), Montpellier
    Evi Soutoglou, IGBMC (Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire), Strasbourg
    Further information at https://multi-im2017.sciencesconf.org/ and in the flyer.


  • Du 2 octobre 13:00 au 3 octobre 18:00 -

    3D-CHROME Workshop : “Modelling of 3D genome organisation”

    Résumé : MGO2017 Workshop - “Modelling of 3D Genome Organization - Integrating genomics and microscopy data”
    Chromosomes need to be precisely organized within the limited nuclear volume that is available in interphase. Genomics and microscopy studies have revealed that 3D genome organization directly mirrorsbiological functions like gene regulation, recombination and DNA replication and repair. Biophysical and mathematical modelling can provide further insights whether 3D genome organization dictates functional outputs and how much variation is present between individual cells and over time.
    During the workshop 8 internationally renowned experts will discuss recent projects where genomics and microscopy studies are integrated using biophysical and modelling approaches.
    Confirmed speakers :
    • Kerstin Bystricky - LBME, Toulouse
    • Luca Giorgetti, FMI, Switzerland
    • Ivan Junier, TIMC-IMAG, Grenoble
    • Jop Kind, Hubrecht Institute, The Netherlands
    • Julien Mozziconacci, UPMC, Paris
    • Mario Nicodemi, University of Naples and INFN, Italy
    • Cédric Vaillant, Ecole Normale Supérieure, Lyon
    • Juan Vaquerizas, MPI for Molecular Biomedicine, Germany
    The workshop is aimed at scientists with backgrounds in (bio)physics, biology and bioinformatics (PhD students, postdocs, engineers, young and senior scientists). Registration is free of charge but mandatory (https://mgo2017.sciencesconf.org).The number of participants is strictly limited to 150 participants, on a first-come basis, with deadline on the 24th of July. We therefore advise to register as soon as possible. The workshop is organized by the University Paris-Saclay 3D-CHROME Initiative with support from LABEX PALM and LABEX SPS.
    The workshop will be followed by a half-day bioinformatics tutorial on Hi-C data analysis (afternoon of October 3rd) where tools for Hi-C data processing and the calling of functional domains will be discussed by Nicolas Servant (Insitut Curie) and Kai Kruse (MPI for Molecular Biomedicine, Germany). Registration to this tutorial is limited to 20 participants, with selection based on motivation. The tutorial is organized by the University Paris-Saclay PSay-CompBioInitiative.
    Further information at https://mgo2017.sciencesconf.org and in the flyer.

    Lieu : Auditorium - Bâtiment 21, campus de gif


  • Du 9 octobre 14:00 au 10 octobre 12:00 -

    3D-CHROME Workshop : “Recent development with Nanopore Sequencing”

    Résumé : NanoSep2017 - Recent development with Nanopore Sequencing
    Over the last decade, next-generation sequencing technologies have opened a new era for genomic studies. These technologies are associated with increasing sequencing power but are also limited by short length of sequenced DNA fragments. This limitation has recently been considerably surpassed by technologies that allow sequencing single DNA molecules. This workshop is dedicated to studies using the MinION sequencer (Oxford Nanopore Technologies), a 3rd generation nanopore sequencer that can sequence DNA fragments up to hundreds of kb, as well as full length RNA molecules. This opens the road for unprecedented possibilities in genomics, metagenomics and epigenomics (de novo genome sequencing, genome variant sequencing, identification of messenger RNA isoforms, identification of DNA modifications, etc.). During NanoSeq-2017, internationally renown experts will present their work and share their expertise in these different fields integrating the possibilities provided by MinION sequencing.
    The workshop is aimed at scientists working with genomics (DNA and RNA sequencing), metagenomics and epigenomics.
    Registration is free but mandatory and is limited to 150 participants, on a first-come basis (see registration form on the website).
    Invited Speakers
    - Céline Bigot (CNRGH, CEA, Evry)
    - Michael Clark (Garvan Institute of Medical Research, Australia & University of Oxford, UK)
    - Cécile Donnadieu (GeT-PlaGe, Toulouse)
    - Philipp Euskirchen (Charité-Universitätsmedizin, Berlin)
    - Dominik Handler (IMBA, Austria)
    - Eric van der Helm (NNFCB, Denmark)
    - Christiaan Henkel (Institute of Biology Leiden, The Netherlands)
    - Wigard Kloosterman (University Medical Center Utrecht, The Netherlands)
    Speakers from 3D_CHROME
    - Jean-Marc Aury (Genoscope, CEA)
    - François-Xavier Barre (I2BC, Gif-sur Yvette)
    Further information at https://pfseqnanopore.sciencesconf.org/ and in the flyer.

    Lieu : auditorium - Bâtiment 21, campus de Gif


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