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Club Bioinformatique

Contact : Claire TOFFANO-NIOCHE

Le principe de ce "Club Bioinformatique" consiste en un exposé informel d’une heure maximum (questions incluses) concernant des recherches de l’orateur en Bio-informatique. Si les recherches ne sont pas assez abouties pour être présentées, il est possible de présenter un article (style "journal club"). Les présentations ont lieu en général un lundi sur deux, de 14h à 15h, au bât 400 (site Orsay).

Pour être informé des rappels ou des modifications, il est possible de s’abonner à la liste de diffusion "Bioinfo". En échange de cette inscription, vous serez appelés à assurer une des présentations du Club. Pour s’incrire, suivre les instructions données ici (avec une adresse courriel professionnelle si possible) : http://serv1.igmors.u-psud.fr/mailman/listinfo/bioinfo

par Claire Toffano-Nioche - publié le , mis à jour le

Agenda

  • Vendredi 25 septembre 2015 14:00-15:00 - Ichizo KOBAYASHI, Visiting Professor - Jean d’Alembert Scholar, I2BC

    Adaptive evolution driven by self-recognizing epigenetic elements : Evidence from genomes, methylomes, transcriptomes and phenotype

    Résumé : There are now excitements in the field of bacterial immunity. One form of immunity, that by restriction-modification (RM) systems, distinguishes between self and non-self based on epigenetic labeling. We found attack by RM on host bacteria --- an autoimmunity process. This cell death sometimes helps in defense against infection but also allows RM’s persistence by addiction strategy. In harmony with such selfish behavior, RMs behave as mobile genetic elements or one form of life. The ultimate unit of their mobility is their target sequence recognition domain (TRD). TRDs move within a gene and move beyond taxonomic barriers changing DNA methylation systems and therefore the methylome.
    The currently dominating model for adaptive evolution is selection from diverse genome sequences. In contrast, extremely diverse epigenomes may be regarded as units of evolution. We explore this possibility in unicellular bacteria, in which germ-line cells can be equated with somatic cells, such as Helicobacter pylori responsible for stomach cancer. Its numerous and ever-changing RM systems may drive adaptive evolution. Our works involving genome decoding, methylome decoding (by single-molecule real-time sequencing technology in a Pacbio machine), transcriptome analysis and phenotype analysis support this concept.

    Lieu : Salle A. Kalogeropoulos - bât. 400 - Campus d’Orsay


  • Lundi 25 avril 2016 14:00-15:00 - Flora Jay - LRI

    Inférer les changements passés de taille d’une population à partir de ses données génétiques : présentation des méthodes disponibles

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay


  • Lundi 9 mai 2016 14:00-15:00 - Gilles Vergnaud - I2BC

    Le mode de vie des phages transposables revisité grâce au séquençage haut débit

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay


  • Lundi 23 mai 2016 14:00-15:00 - Samer Abboud - I2BC

    Évolution des réseaux métaboliques

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay


  • Lundi 6 juin 2016 14:00-15:00 - Pierre Bertin - I2BC

    Ribosome profiling du génome mitochondrial d’Arabidopsis thaliana

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - université Paris-Sud, 91405 - Orsay


  • Lundi 20 juin 2016 14:00-15:00 - - I2BC

    Répétitions des stages étudiants

    Résumé : attention : lieu inhabituel, bât. 409

    • Marthe Feron, M2 : "Détection de sites soumis à la sélection positive"
    • Jean-Noël Lorenzi, M2 : "Génomique comparée chez les Streptomyces : variabilité chromosomique terminale"

    Lieu : salle de conférence Schaeffer - b.409, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay Cedex


  • Lundi 4 juillet 2016 14:00-15:00 - Marc Gabriel - I2BC

    Détection de sites de terminaison Rho-dépendants chez Salmonella

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay Cedex


  • Lundi 9 janvier 14:00-15:00 - Emilie Douineau - I2BC

    Club Bioinformatique

    Lieu : salle de conférence A.Kalogeropoulos - b.400, campus Orsay - Université Paris-Sud, 91405 - Orsay Cedex


  • Lundi 23 janvier 14:00-15:00 - Violette Da Cunha

    Le double visage de la métagénomique dans les analyses phylogénétiques chez les Archées

    Lieu : Salle de lecture du 3ème étage - Bâtiment 400, campus d’Orsay


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