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Equipements

Cytométrie


CYTOMETRES ANALYSEURS

Cytomètre de paillasse Cytoflex (Beckman-Coulter)

NOUVEAU - FONCTIONNEL EN SEPTEMBRE 2017

Ce Cytoflex est équipé d’un laser 488 nm avec 2 détecteurs de fluorescence et d’un laser 561 nm avec 4 détecteurs de fluorescence, en plus des détecteurs Forward- et Side-scatter. Les détecteurs de fluorescences sont des photodiodes à avalanche, beaucoup plus sensibles que des photomultiplicateurs. Il est muni d’un lecteur de plaque et permet de faire un comptage volumétrique absolu.
Ce cytomètre moderne, économe, convivial et intuitif est dédié aux utilisateurs autonomes. Une formation par l’ingénieur responsable, couplée au e-learning du site constructeur permet d’appréhender les fonctionnalités en quelques heures.
Le schéma optique de la machine vous aidera à choisir vos fluorochromes.


Cytomètre de paillasse CyFlow SL (Partec-Sysmex)

Ce CyFlow SL3 est équipé d’un laser diode 532 nm 30 mW, de détecteurs Forward- et Side-scatter, de deux canaux de fluorescence rouge (Band Pass 630/30 nm, Long Pass 590 nm) et permet un comptage volumétrique absolu. Ce cytomètre moderne, économe, convivial et intuitif permet une formation rapide pour les utilisateurs qui souhaitent travailler de manière autonome.
Il est principalement utiliser pour des études de cycle cellulaire, endoreplication, ploïdie et taille de génome.
Le schéma optique de la machine vous aidera à choisir vos fluorochromes.


CYTOMETRE ANALYSEUR-TRIEUR

Cytomètre Analyseur-Trieur MoFlo ASTRIOS (Beckman-Coulter)

Ce cytomètre en flux apporte la technologie et la puissance nécessaire pour la lecture simultanée de plus de 20 paramètres de fluorescence et pour le tri d’évènements, même s’ils sont rares, dans une population d’objets hétérogènes. Il est muni de 22 photomultiplicateurs, et de 5 raies lasers (355 nm /100 mW ; 405 nm / 55 mW ; 488 nm / 150 mW ; 561 nm / 200 mW ; 640 nm / 100mW). Le tri stérile peut être accompli selon six voies (récolte dans des tubes 5ml ou eppendorf) ou sur plaque (6 à plus de 96 puits) avec une vitesse de lecture de 70 000 évènements par seconde. L’analyseur-trieur bénéficie depuis janvier 2015 d’un module permettant de détecter des évènements de petite taille (≥200 nm).
Bien qu’il soit difficile de se former pour le tri avec une utilisation ponctuelle, la formation à l’autonomie en analyse est envisageable et conseillé pour des expériences routinières.
Le schéma optique de la machine vous aidera à choisir vos fluorochromes.



Microscopie Electronique


MICROSCOPES ELECTRONIQUE EN TRANSMISSION

MET JEOL 1400

Date d’installation : Juin 2007
Voltage : 80-120 kV
Pièce polaire : High Contrast & High Tilt (Cs=3.2mm)
Caméra : Orius High speed (Gatan)
Porte-objet : multi-positions (JEOL specimen quartet holder)
Techniques : Tomographie (logiciel JEOL recorder) et porte-objet double axe (Gatan, modèle 927).


MET STEM JEOL 1400

MET 120kV

Date d’installation : Décembre 2011
Voltage : 120 kV
Pièce polaire : STEM STEM High Contrast & High Tilt (Cs=2.1mm)
Caméra :
- Orius High speed (Gatan)
- Ultra scan haute sensibilité US1000XP 2kx2k pixels (Gatan)
Détecteurs :
- Détecteur HADF (acquisition STEM en champ clair et en champ sombre)
- Détecteur EDXS Numérix pour l’analyse chimique (SamX)
Porte-objet : multi-positions (JEOL specimen quartet holder)
Techniques :
- Tomographie (logiciel Digital Micrograph Gatan) et porte-objet double axe (Gatan, modèle 927)
- Cryo-microscopie avec porte-objet Cryo 626 accompagné d’un Cold Stage Controller et d’une station de pompage (Gatan)


PREPARATION DES ECHANTILLONS

Automate de cryo-plunging (EMGP, Leica)

EMPG

L’automate de cryo-plunging EMGP permet de congeler rapidement et de manière reproductible des petits échantillons (virus, vésicules, microtubules) pour les observer en cryo-microscopie. Les échantillons seront ensuite conservés dans l’azote liquide jusqu’à leur observation au microscope électronique.


Cryo-fixateur sous haute pression (EMPACT2, Leica)

EMPACT

Grâce à la cryo-fixation du matériel biologique en quelques millisecondes à la température de l’azote liquide (-196°C), l’eau contenue dans le matériel biologique est vitrifiée ce qui empêche la formation de cristaux de glace pouvant détruire l’ultra-structure cellulaire. La cryo-fixation permet de fixer instantanément des processus biologiques rapides souvent perdus par une fixation chimique lente de type aldéhyde. De plus la cryo-fixation préserve les épitopes antigéniques qui peuvent être parfois détruits par une fixation chimique.


3 Automates de cryo-substitution (AFS2, Leica)

AFS2

Associé au cryo-fixateur sous haute pression Leica EMPACT2, l’automate de cryo-substitution Leica AFS2 + FSP remplace l’eau vitrifiée contenue dans le matériel biologique cryo-fixé par un solvant (par exemple éthanol ou acétone) à basse température avant l’inclusion dans une résine de type LR white ou HM20. L’automate permet ensuite la polymérisation de la résine sous UV à basse température. L’automate peut également être utilisé pour l’inclusion et la polymérisation de matériel biologique chimiquement fixé.


2 Ultramicrotomes (EM UC6, Leica)

Ultramicrotome

Deux ultramicrotomes Leica EM UC6 permettent d’obtenir toutes les épaisseurs de coupes désirées jusqu’à des coupes ultrafines de 50 nm d’épaisseur. Les ultramicrotomes sont accompagnés d’une plaque chauffante pour faire des colorations et d’un microscope de paillasse pour observer des semi-fines immédiatement après la coupe.


1 Cryo-ultramicrotome (EM FC6, Leica)

Cryo-ultramicrotome

La cryo-chambre EM FC6, montée sur l’un des ultramicrotomes EM UC6, permet de couper des échantillons à basse température (-120°C) et est pilotée par la même unité de contrôle que l’UC6.


Robot d’immunomarquages (IGL)

IGL

L’automate Leica EM IGL permet l’immuno-marquage de coupes biologiques déposées sur des grilles de microscopie électronique en nickel. Jusqu’à 24 grilles peuvent être traitées simultanément.


Robot d’inclusion assisté d’un micro-ondes (AMW Leica)

AMW

Toutes les étapes de la préparation du matériel biologique pour la microscopie électronique sont automatisées et accélérées grâce à des micro-ondes (fixation, contraste, déshydratation, inclusion dans la résine et polymérisation).



Microscopie Photonique


SUPER RESOLUTION

N-STORM (Nikon)

JPEG - 158.5 ko

Statif
Microscope Nikon Eclipse Ti E inversé, platine motorisée x,y,z avec Perfect Focus System.

Logiciel
NIS-Elements Advanced Research

Lampe à fluorescence
Lampe à fluorescence Métal Halide (130 W, Nikon)
Lampe halogène (Nikon)

Lasers
Diode 405 nm (Cube, 100 mW, Coherent)
488 nm (Sapphir, 150 mW, Coherent)
561 nm (Sapphir, 150 mW, Coherent)
647 nm (MPB Communication, 300 mW)

Objectifs
20x PL APO sec (NA : 0.75) (Nikon)
100x APO TIRF SR immersion à huile (NA : 1.49) (Nikon)

Cubes filtres
Cube DAPI : BP 377/50, DM 409 nm, BP 430/45 (Nikon, Semrock 2SKZ4DAPIB)
Cube FITC : BP 482/35, DM 506 nm, BP536/40 (Nikon, Semrock 2SZK4FITC0)
Cube TRITC : BP 543/22, DM 562 nm, BP 593/40 (Nikon, Semrock 2SKZ4TRITC)
Cube QUAD : Compatible pour laser 405/488/561/647(n°241578), DM 405/488/561/647 (n°241164), 450/60-525/50-605/50-730/120 (n°241102) (Nikon, Chroma)

Camera
Andor iXon Ultra 897 EM-CCD (taille de pixel : 16x16 µm)



MICROSCOPIE CONFOCALE

SP8 – X inversé (Leica)

JPEG - 208.6 ko

Statif
Microscope Leica DMI 6000 inversé

Logiciel
LAS-X
Module : Dye Finder
Module : FRAP – FRET
Module : 3D
Module : Excitation/Emission Spectrum

Lampes
Lampe à fluorescence Métal Halide (120 W, Leica)
Lampe halogène (Leica)

Lasers
Diode 405 nm (Leica, 50 mW)
Laser blanc : White light laser 2 (470 - 670 nm)

Objectifs
10x PLAN APO sec + DIC (NA : 0.4) (Leica)
20x PLAN APO multi-immersion (huile, glycerol, eau) + DIC (NA : 0.7) (Leica)
40x PLAN APO immersion à huile + DIC (NA : 1.3) (Leica)
63x PLAN APO immersion à huile + DIC (NA : 1.4) (Leica)
63x PL APO immersion à eau + DIC (NA : 1.2) (Leica)

Système AOBS

Cubes filtres
Cube A : BP 360/40, DM 400 nm, LP 425 (Leica)
Cube I3 : BP 460/20, DM 510 nm, LP 515 (Leica)
Cube N3 : BP 546/12, DM 565 nm, BP 600/40 (Leica)
Cube Y3 : BP 545/30, DM 565 nm, BP 610/75 (Leica)

Détecteurs
2 PMTs (Hamamatsu 6357)
2 GaAsP Hybride (Hamamatsu)
1 PMT Transmission


SP8 droit (Leica)

Statif
Microscope Leica DM 6000 droit

Logiciel
LAS-X
Module : 3D

Lampe à fluorescence
Lampe à fluorescence Métal Halide (120 W, Leica)
Lampe halogène (Leica)

Lasers
Diode 405 nm (Leica, 50 mW)
Laser Argon 458 nm, 476 nm, 488 nm, 496 nm, 514 nm
Laser DPSS 561nm
Laser HeNe 594 nm, 633nm

Système de balayage
Scanner classique 0.1 - 1.8 kHz (jusqu’à 7 images/sec en 512x512)
Scanner résonant 8 kHz (jusqu’à 30 images/sec en 512x512)

Objectifs
20x PLAN APO sec (NA : 0.75) (Leica)
63x PLAN APO immersion à huile + DIC (NA : 1.4) (Leica)

Système AOBS

Cubes filtres
Cube A : BP 360/40, DM 400 nm, LP 425 (Leica)
Cube I3 : BP 460/20, DM 510 nm, LP 515 (Leica)
Cube N3 : BP 546/12, DM 565 nm, BP 600/40 (Leica)

Détecteurs
1 PMT (Hamamatsu 6357)
2 GaAsP Hybrid (Hamamatsu)
1 PMT Transmission



MICROSCOPIE CONFOCALE DYNAMIQUE

SPINNING-DISK / TIRF / FRAP

JPEG - 271 ko

Statif
Microscope Nikon Eclipse Ti E inversé, platine motorisée x,y,z avec Perfect Focus System.

Logiciel
MetaMorph version 7.7 (Molecular Devices)

Objectifs
10x PLAN APO sec (NA : 0.45) (Nikon)
40x PLAN FLUOR immersion à huile (NA : 1.30) (Nikon)
60x APO TIRF immersion à huile (NA : 1.49) (Nikon)
100x PLAN APO immersion à huile (NA : 1.40) (Nikon)
100x APO TIRF immersion à huile (NA : 1.49) (Nikon)

Cubes filtres
Cube DAPI  : BP 360/40, DM 400 nm, BP 460/50 (Nikon)
Cube BV2A  : BP 420/40, DM 455 nm, LP 470 (Nikon)
Cube GFP BP  : BP 470/40, DM 495 nm, BP 520/35 (Nikon)
Cube GFP LP  : BP 472/30, DM 505 nm, LP 510 (Nikon)
Cube YFP  : BP 500/20, DM 515 nm, BP 535/30 (Nikon)
Cube TxRed  : BP 560/40, DM 595 nm, BP 630/60 (Nikon)
Cube CY5  : BP 620/60, DM 600 nm, BP 700/75 (Nikon)

Lasers
405 nm (Toptica iBeam 405-S, 120 mW)
491 nm (Cobolt Calypso, 100 mW)
561 nm (Cobolt Jive, 150 mW)
642 nm (Toptica iBeam Smart 640-S, 150 mW)

Module Spinning Disk
Yokogawa CSU-X1-A1

Miroirs Dichroïques (Spinning-Disk)
Single band 491 nm (Semrock)
Dual band 491/561 nm (Semrock)
Quad band 405/491/561/641 nm (Semrock)

Roue de filtres d’émission à 10 positions (Spinning Disk)
Bandpass 447/60 nm (Semrock)
Bandpass 525/45 nm (Semrock)
Bandpass 590/20 nm (Semrock)
Bandpass 607/36 nm (Semrock)
Bandpass 692/40 nm (Semrock)
Quad bandpass 440/40 nm, 521/20 nm, 607/34 nm, 700/45 nm (Semrock)
Longpass 420 nm (Semrock)
Longpass 500 nm (Semrock)

Cameras
Evolve 512 EMCCD, Photometrics, (taille du pixel : 16 x 16 µm)
Evolve 512 Delta EMCCD, Photometrics, (taille du pixel : 16 x 16 µm)
CoolSNAP HQ2 CCD, Photometrics, (taille du pixel : 6.45 x 6.45 µm)
Orca Flash 4.0 LT sCMOS, Hamamatsu, (taille du pixel : 6.45 x 6.45 µm)

Dual View
Dual View DV2 (Photometrics) :
Miroir dichroïque 565 nm (Chroma)
Filtres bandpass GFP (ET525/50m, Chroma) et mCherry (ET630/75m, Chroma).

FRAP/Photoactivation
iLAS2 module (Roper Scientifics)

TIRF
Bras motorisé (Ti-TIRF, Nikon)

Miroirs Dichroïques (TIRF)
Triple bande 405/491/561 nm (Semrock)
Quad bande 405/491/561/640 nm (Semrock)

Roue de filtres d’émission à 10 positions (TIRF)
Bandpass 525/50 nm (Chroma)
Bandpass 605/52 nm (Chroma)
Bandpass 700/75 nm (Chroma)



MICROSCOPIE PLEIN CHAMP

Microscope droit Eclipse 80-i (Nikon)

Statif
Microscope Nikon Eclipse 80-i droit

Logiciel
NIS-Elements

Lampe à fluorescence
Lampe à fluorescence Métal Halide (130 W, Nikon)
Lampe halogène (Nikon)

Objectifs
10x PLAN FLUOR sec (NA : 0.3) (Nikon)
45x PLAN FLUOR sec (NA : 0.75) (Nikon)
60x PLAN APO immersion à huile (NA : 1.4) (Nikon)
100x PLAN APO immersion à huile (NA : 1.4) (Nikon)

Cubes filtres
Cube DAPI : BP 402/50, DM LP 409 nm, BP 447/60 (Semrock)
Cube FITC : BP 482/36, DM LP 506 nm, BP 536/40 (Semrock)
Cube TRITC : BP 543/22, DM LP 562 nm, BP 593/40 (Semrock)

Camera
Caméra couleur Ds-Ri1, Nikon, (taille du pixel : 6.45 x 6.45 µm)


Microscope inversé DMI 6000 Motorisé (Leica)

Statif
Microscope DMI 6000 inversé (Leica) avec platine motorisée x,y,z.

Logiciel
LAS

Lampes
Lampe à fluorescence Métal Halide (120 W, Leica)
Lampe halogène (Leica)

Objectifs
5x sec + DIC (NA : 0.15) (Leica)
10x PLAN FLUOTAR sec + DIC (NA : 0.4) (Leica)
20x PLAN APO multi-immersion + DIC (NA : 0.7) (Leica)
40x APO sec (NA : 0.6) (Leica)
63x PLAN APO immersion à huile + DIC (NA : 0.6-1.4) (Leica)
63x PL APO immersion à eau + DIC (NA : 1.2) (Leica)

Cubes filtres
Cube A0 : BP 340/26, DM LP 380 nm, LP 364 (Leica)
Cube A4 : BP 360/40, DM 400 nm, BP 470/40 (Leica)
Cube GFP : BP 470/40, DM 500 nm, BP 525/50 (Leica)
Cube YFP : BP 500/20, DM 515 nm, BP 535/30 (Leica)
Cube XF37 : BP 546/10, DM 570 nm, BP 580/20 (Leica)
Cube XF67 : BP 389/15 - BP 485/30 – BP 577/15, DM 400/485/580 nm, BP 457/20 – BP 528/20 – BP 633/50 (Leica)
Cube XF154 : BP 436/8 - BP 495/12 – BP 580/20, DM 445/510/595 nm, BP 465/24 – BP 535/36 – BP 630/50 (Leica)
Cube XF93 (D) : BP 485/20 - BP 555/20 – BP 650/40, DM 485/555/650 nm, BP 515/20 – BP 600/20 – BP 730/50 (Leica)

Camera
Camera noir & blanc Orca ER-1395, Hamamatsu, (taille de pixel : 6.45 x 6.45 µm)
Camera couleur DFC300 FX, Leica, (taille de pixel : 6.45 x 6.45 µm)



MACROSCOPIE

Macroscope AZ100 MultiZoom (Nikon)

Statif
Nikon AZ100 MultiZoom macroscope

Logiciel
NIS-Elements D (Nikon) + Extended Depth of Focus
Lampes
Lampe à fluorescence metal halide (130 W Intensilight, Nikon)
Lampe halogène (Nikon)
Eclairage annulaire

Objectifs
AZ-Plan Apo 1X NA 0.1 WD 35 mm (Nikon) + DIC
AZ-Plan Fluor 2X NA 0.2 WD 45 mm (Nikon)
AZ-Plan Fluor 5X NA 0.5 WD 15 mm (Nikon) + DIC

Cubes filtres
Cube A0 : BP 340/26, DM LP380 nm, LP364 RS (Semrock)
Cube DAPI : BP 377/50, DM 409 nm, BP 447/60 (Semrock)
Cube CFP-2432A : BP 438/24, DM 458 nm, BP 483/32 (Semrock)
Cube GFP-BP : BP 472/30, DM 495 nm, BP 520/35 (Nikon)
Cube GFP-LP : BP 480/40, DM 505 nm, LP520 (Nikon)
Cube YFP-2427A : BP 500/24, DM 520 nm, BP 542/13 (Semrock)
Cube TRITC-A : BP 543/22, DM 562 nm, BP 593/40 (Semrock)

Camera
Camera couleur Ds-Ri, Nikon, (taille de pixel : 6.45 x 6.45 µm)

MultiZoom
Zoom 1X à 8X


Stéréomicroscope MZ FLIII (Leica)

Statif
M205 FA macroscope

Logiciel
LAS Core

Lampes
Lampe à fluorescence Métal Halide (120 W, Leica)
Lampe halogène (Leica)
Eclairage annulaire

Objectifs
Plan Apo 1X (Leica)
Plan Apo 2X (Leica)

Filtres
Filtres UV : BP 360/40, LP 420 (Leica)
Filtres CFP : BP 470/40, LP 515 (Leica)
Filtres GFP : BP 470/40, BP 525/50 (Leica)
Filtres G  : BP 546/10, LP 590 (Leica)

Camera
Caméra couleur DFC 300FX, Leica, (taille du pixel : 6.45 x 6.45 µm)


STATION D’ANALYSE D’IMAGES

Station Huygens

Fabricant - Modèle
Dell Inc.
Precision WorkStation T5500

Composants-Processeur
Intel(R) Xeon(R)
CPU X5680 @ 3.33GHz

Logiciels

Station Tsien

Fabricant - Modèle
Dell Inc.
Precision Tower 7810

Composants-Processeur
Intel(R) Xeon(R)
CPU E5-2640 v3 @ 2.60GHz

Logiciels



par Laetitia Besse - publié le