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Présentation de la plateforme PARi

Responsable : Annick HAREL-BELLAN

La plateforme PARi est un plateau technologique de génomique fonctionnelle par interférence ARN à haut débit. Différentes approches y sont mises en œuvre pour induire l’inhibition spécifique, individuelle, systématique et massivement parallèle de l’expression des gènes, ou la neutralisation et/ou la surexpression des micro-ARNs humains. Ces stratégies permettent le catalogage des ensembles de gènes ou de micro-ARNs jouant un rôle dans une fonction biologique ou une voie métabolique d’intérêt.

Présentation

L’équipe de la plateforme PARi dispose des moyens humains et techniques, et de l’expertise scientifique pour l’élaboration et la réalisation de criblages fonctionnels de banques interférentes ARN (banques pangénomiques humaines de siARNs synthétiques, d’antisens et de « mimiques » des micro-ARNs) sur un large éventail de tests cellulaires automatisés et miniaturisés.

Criblage fonctionnel par ARN interférence à haut débit.
Le cycle de vie classique d’un criblage démarre par un crible « primaire » au cours duquel l’intégralité d’une banque interférente ARN (siARNs synthétiques, inhibiteurs ou mimiques des miARNs) est systématiquement testée par transfection dans des cellules humaines cultivées en microplaque (format 96 ou 384 puits). La mesure d’une fonction biologique basée un système rapporteur mono paramétrique (colorimétrique, fluorescent ou luminescent), ou sur une méthode de dosage immunoenzymatique, est quantifiée sur un lecteur de plaques multimode. Pour une fonction biologique plus complexe à mesurer (ex : cycle cellulaire) et/ou nécessitant une mesure directe, notre plateforme utilise les capacités de multiplexage de l’imagerie à haut débit (=criblage à haut contenu) pour la quantification simultanée de multiples paramètres cellulaires (« phenotypage »). Les gènes ou miARNs candidats retenus à l’issue du crible primaire sont ensuite individuellement retestés dans un criblage de confirmation (crible secondaire) qui permet l’exclusion des faux positifs. La liste des cibles fonctionnellement actives dans les deux cribles constitue les touches (« hits ») du criblage, à partir desquelles un travail de caractérisation approfondi peut-être envisagé. Certaines approches bioinformatiques développées sur notre plateforme permettent également d’obtenir une vision globale des voies de signalisation et des réseaux génétiques spécifiques du modèle cellulaire étudié.



Les domaines d’expertise de notre plateforme couvrent également l’analyse statistique et bioinformatique de données issues de la génomique fonctionnelle à haut débit. Les méthodologies d’analyse développées interviennent dans le décryptage des voies de signalisation et des réseaux génétiques spécifiques d’un système cellulaire, la modélisation mathématique de processus biologiques et la mise en œuvre d’approches analytiques innovantes en biologie des systèmes.
Notre laboratoire a également développé une approche innovante, basée sur le criblage, permettant l’identification des cibles fonctionnelles des miARNs (« Suppressor Target Screen Assay » ou « STarS assay ».

Identification des cibles fonctionnelles d’un miARN par « STarS assay ».
A. Un miARN régule une fonction cellulaire en inhibant l’expression d’un ou plusieurs gènes cibles, ce qui se traduit par un phénotype cellulaire quantifiable. B. Lorsque le miARN est neutralisé par l’introduction cellulaire d’un inhibiteur (par exemple par un antisens du miARN), l’expression du ou des gène(s) cible(s) n’est plus réprimée, résultant en un gain de fonction et une modification du phénotype observable. C. Le STarS Assay consiste à cribler une banque de siARNs individuellement combinés avec l’inhibiteur du miARN dont la cible est recherchée. Dans ces conditions, les gènes cibles des siARNs capables de restaurer le phénotype initial constituent les cibles fonctionnelles du miARN.


Direction scientifique
▪ Annick HAREL-BELLAN


Gestion opérationnelle
▪ Guillaume PINNA
▪ Gueorgui KRATASSIOUK
▪ Mathieu GILGENKRANTZ


Bioinformatique
▪ Nadya MOROZOVA



Mots-clés

Criblage à haut débit, Criblage à haut contenu, ARN interférence, génomique fonctionnelle, Bioinformatique, micro ARN, CRISPR-Cas9


publié le , mis à jour le