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Accueil > Départements > Biologie des Génomes > Daniel GAUTHERET : Séquence, Structure et Fonction des ARN

Daniel GAUTHERET : Présentation de l’équipe

Les ARN forment une famille de molécules très diverses capables à la fois de stocker l’information génétique et de contrôler de nombreux aspects de la vie cellulaire. Notre laboratoire cherche à comprendre les rôle joués par les ARN depuis les origines de la vie jusqu’à aujourd’hui chez les animaux, plantes et bactéries.

Projet

Notre laboratoire développe des technologies de bioinformatique et de biochimie pour comprendre l’évolution et les mécanismes d’action des ARN. Trois principaux axes de recherche sont poursuivis :

Découverte de nouveaux ARN. Claire Toffano-Nioche et Daniel Gautheret developpent des outils bioinformatiques pour la découverte de nouveaux gènes d’ARN dans les séquences génomiques. Nous comparons les séquences génomique d’espèces éloignées, ou entre les individus d’une même population, à la recherche d’indices de contraintes évolutives démontrant la présence de gènes d’ARN. Nous utilisons également des technologies de séquençage massif de nouvelle génération (NGS) permettant de déterminer des millions de séquences d’ARN à partir de n’importe quel tissu vivant, afin d’observer l’expression de régions génomiques produisant des ARN messagers ou non-codants.

Structures et interaction des ARN. Fabrice Leclerc développe des outils bioinformatiques pour la prédiction des contacts ARN-protéines dans l’espace tridimensionnel. Ces programmes prédisent également les séquences des ARN formant les meilleurs substrats pour une protéine de liaison à l’ARN donnée. De tels outils connaissent des applications potentielles dans la conception de nouvelles drogues.

Fonction et maturation des ARN. Jean Lehmann s’intéresse au rôle joué par l’ARN dans l’émergence du code génétique aujourd’hui utilisé par tous les organismes. A cette fin, il développe des techniques biochimiques permettant de sélectionner et d’identifier des ARN présentant des activités liées au décodage. Parallèlement, il analyse les séquences et structures 3D des ARN pour découvrir de nouveaux indices sur les fonctions régulatrices des ARN. Daniel Gautheret utilise les données de transcriptomique à haut débit (NGS) pour appréhender les régulations par les ARN et les multiples étapes de maturation subies par les ARN après leur synthèse.

Interactions entre le coude du tRNA et un « module double T-loop » (en bleu et rouge), un nouveau motif ARN récurrent identifié par Lehmann et al. Le motif sert de plateforme d’amarrage pour le coude du tRNA dans l’ARN ribosomique (gauche, haut), le ribozyme RNAse P (gauche, bas) et le riboswitch T-box (droite).

Mots clés :

RNA, non-coding RNA, regulatory RNA, RNA world, catalytic RNA, RNA-protein interactions, RNA processing, genome annotation, genetic code

Contact :


GAUTHERET Daniel [Professeur - UPSud]
Equipe Gautheret.D - Séquence, Structure et Fonction des ARN [Responsable]
Bioinformatique eBIO [Responsable Scientifique]
01 69 15 46 32 Orsay - Bât 400

publié le , mis à jour le