Rechercher






Nos tutelles

CNRS

Nos partenaires


Accueil > Départements > Microbiologie > Christophe SOLA : Infection Génétique Evolution des Pathogènes Emergents

Christophe SOLA : Présentation de l’équipe

Projets

Notre équipe s’intéresse à la diversité génétique et aux dynamiques de transmission des pathogènes émergents ou réémergents, avec des applications pour la santé publique. Ceci comporte les phénomènes d’adaptation à l’environnement, en particulier l’acquisition de résistances aux antibiotiques. Nous participons aussi à des projets de pharmacogénomique pour aborder la thématique de la résistance aux traitements et la médecine personnalisée.
Notre modèle d’étude principal est la tuberculose et son agent, le complexe Mycobacterium tuberculosis, mais nous intéressons aussi aux Salmonelles (Salmonella enterica), aux Légionelles (Legionella pneumophila) et aux agents des tuberculoses atypiques.

Nos approches sont celles de la génomique appliquée à l’étude des populations, d’une part grâce à une plateforme technologique, qui compte 3 instruments de génotypage sur microbilles à haut débit (2 cytomètres de flux à Lasers Luminex 200® et un Imageur à fluorescence MagPix®), d’autre part grâce aux techniques de séquençage global de nouvelle génération. Notre but est de produire des empreintes génétiques les plus discriminantes possibles afin de révéler des chaînes de transmission cachées ou suspectées, au coût le plus faible possible. Nous utilisons en particulier la diversité intraspécifique des souches bactériennes au niveau des locus CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). Notre plate-forme de recherche, Beads4Med, fournit des services de génotypage au niveau international. Nous interagissons aussi avec la start-up Beamedex® qui produit et vend des réactifs de génotypage pour les plateformes Luminex.
L’analyse des données est réalisée à l’aide d’outils bioinformatiques (dont Bionumerics®), et des méthodes de fouilles de données (interface Weka®). Pour la tuberculose, cette fouille de données a permis la mise en place d’une interface de classification analysant les génotypes CRISPR et mini-satellites (dits MIRU-VNTR). Cet outil, TBminer, fournit un étiquetage des génotypes de tuberculose selon plusieurs classifications parallèles et selon une nouvelle classification consensus.
Pour nos recherches, nous accueillons des stagiaires de niveaux variés (L2 à post-doctorat), sur des thématiques variés ; développements technologiques, épidémiologie moléculaire, gestion et fouille de bases de données (voir sujets de stages ci-dessous).

Projets de recherche actuels

• Epidémiologie moléculaire de la tuberculose humaine et animale à l’aide de méthodes innovantes (Ethiopie, Nigéria, Géorgie, Afrique du Sud, Kazakhstan etc.)
• Développement de nouvelles méthodes multiparamétriques de typage CRISPR et de détection des mutations de résistance aux antibiotiques sur puces en micro et nanotechnologie optiques ou électrochimiques.
• Fouille de données et Apprentissage automatisé sur les données CRISPR de Mycobacterium tuberculosis et de Salmonella enterica
• Génomique comparative et évolutive du complexe Mycobacterium tuberculosis
• Développement de nouvelles méthodes par typage de mutations ponctuelles (SNP typing) à haut-débit
• Etude du polymorphisme des loci VNTR chez les Mycobactéries atypiques
• Développement de méthodes multiparamétriques pour la pharmacogénomique

Sujets de stage actuellement proposés

 :

Liens

Beads4Med Genotyping services

Mots-clés

maladies émergentes, mycobactéries, tuberculose, épidémiologie et anthropologie moléculaires, génétique moléculaire des populations, bioinformatique, phylogéographie, systèmes complexes, santé publique, CRISPR, génotypage haut-débit.

Contact


SOLA Christophe [Professeur - UPSud]
Equipe Sola C. - Infection Génétique Evolution des Pathogènes Emergents [Responsable]
01 69 15 46 48 Orsay - Bât 400

publié le , mis à jour le