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Département Microbiologie

Séminaires Microbiologie

Les événements Microbiologie sont affichés en bleu dans l’agenda I2BC...

La prochaine journée du département aura lieu le 28 avril 2017.
Programme
Contact : Nathalie Dautin

publié le , mis à jour le

Agenda

  • Mardi 3 juin 2014 11:30-12:30 - Simon LE HELLO - Co-directeur Centre National de Référence {E. coli, Shigella et Salmonella} Institut Pasteur - Unité de Recherche et d'Expertise des Bactéries Pathogènes Entériques - Paris

    L’odyssée de Salmonella Kentucky ST198, de 1960 à nos jours.

    Résumé : Les salmonelles sont des bactéries zoonotiques naturellement sensibles à tous les antibiotiques. L’usage massif des antibiotiques dans les élevages agricoles intensifs a conduit à l’émergence puis à la dissémination mondiale de bactéries multirésistantes aux antibiotiques. Cette multirésistance qui est associée à une morbidité et une mortalité accrue en cas de salmonellose humaine est devenue un problème majeur de santé publique. Les céphalosporines de troisième génération (C3G) et les fluoroquinolones restent les traitements clés dans les infections sévères à Salmonella. L’acquisition de leur résistance est particulièrement crainte et surveillée.
    L’émergence du clone ST198-X1 de Salmonella enterica sérotype Kentucky hautement résistant aux fluoroquinolones est un exemple marquant de la dynamique rapide de l’accumulation séquentielle des résistances en une décennie. L’élément génomique Salmonella Genomic Island-1 (SGI-1) variant K possédant les gènes de résistance aux anciennes molécules de type ampicilline, streptomycine, spectinomycine, sulfonamides, gentamycine et tétracycline a été le premier déterminant acquis vraisemblablement en Egypte au cours des années 1990. À partir de 2002, ce clone devenu résistant aux quinolones puis aux fluroquinolones par accumulation de mutations sur les gènes de la topoisomerase IV et de l’ADN gyrase, s’est disséminé aux autres pays africains et au Moyen-Orient puis au sous-continent indien et en Asie du Sud-Est. En 2010, les premières souches avec une résistance additionnelle aux C3Gs et/ou aux carbapénèmes ont été isolées sur le continent Africain. Ces résistances récentes, conséquence de l’acquisition de plasmides portant les gènes blaCMY-2, blaCTX-M, blaVIM-2 ou blaOXA-48, sur une salmonelle déjà multi-résistante et en voie de dissémination rapide via des filières agro-alimentaires non contrôlées, font craindre la survenue prochaine d’infections alimentaires sans possibilité thérapeutique.
    La conjonction de la mondialisation des échanges commerciaux et la mauvaise utilisation des antibiotiques dans les pays émergents a abouti à l’odyssée du clone S. Kentucky ST198. Des stratégies appropriées à l’échelle internationale sont nécessaires afin d’éviter l’émergence de bactéries zoonotiques hautement résistantes aux antibiotiques.
    Invité par : Guislaine REFREGIER
    (microbiologie)

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400 , campus Orsay


  • Mardi 10 février 2015 11:30-12:30 - Muriel GONDRY - DSV/iBiTec-S/SIMOPRO/LTMB

    Nouvelles voies de biosynthèse de peptides non ribosomaux

    Résumé : L’équipe étudie les voies de biosynthèse non ribosomale de molécules peptidiques naturelles et, plus particulièrement, des cyclodipeptides et de leurs dérivés complexes, les dicétopipérazines (DKP). Les DKP constituent une large classe de produits naturels synthétisés essentiellement par des microorganismes. Leurs rôles physiologiques sont encore peu connus mais certaines DKP seraient impliquées dans des processus de communication cellulaire ; quant à leurs activités pharmacologiques, elles sont souvent remarquables et diverses telles qu’antibactériennes, antivirales ou anticancéreuses.
    Je présenterai nos travaux qui ont conduit à l’identification et à la caractérisation de nouvelles voies de biosynthèse de DKP ; ces voies contiennent des synthases de cyclodipeptides (CDPS) auxquelles sont souvent associées diverses enzymes de modification des cyclodipeptides produits. Puis, je conclurai en présentant brièvement nos projets scientifiques qui s’articulent autour de la poursuite de l’acquisition de connaissances sur les voies de biosynthèse des peptides non ribosomaux mais visent des objectifs différents.
    Invité par Jean-Luc Pernodet (Microbiologie)

    Lieu : Salle de conférence du Bât. 400 - Campus Orsay


  • Mardi 19 mai 2015 12:45-13:30 - Pr. Otto Holst - Division of Structural Biochemistry, Research Center Borstel, Borstel, Germany.

    Lipopolysaccharides : The good, the bad and the ugly

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, Campus Orsay


  • Mardi 9 juin 2015 11:30-12:30 - Dr. J. Gowrishankar - Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics, Lab block (incl.Director's Office): Tuljaguda (Opp. MJ Market), Nampally, Hyderabad.

    RNA-DNA hybrids and oriC-independent chromosomal DNA replication in E. coli

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, Campus d’Orsay


  • Mardi 8 septembre 2015 12:45-13:45 - Mireille Moutiez - I2BC - Département de Microbiologie

    Prédire l’activité des Cyclodipeptide Synthases ? Etat des lieux...

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, campus Orsay


  • Mardi 22 septembre 2015 13:00-14:00 - Yonghua Li-Beisson - Institut de Biologie Environnementale et Biotechnologie, Equipe Biotechnologie des Microalgues, CEA Cadarache

    Lipid metabolism in the model green microalga Chlamydomonas reinhardtii.

    Lieu : Salle Lederer, Bâtiment 430 - Campus Orsay


  • Mardi 13 octobre 2015 11:30-12:30 - Dr. Thomas Candela - EA4043, Faculté de Pharmacie, Université Paris Sud, Châtenay-Malabry, France

    La paroi de Clostridium difficile et ses modifications.

    Résumé : Clostridium difficile est une bactérie anaérobie sporulante responsable de 15 à 25% des diarrhées post-antibiotiques et de 95% des colites pseudomembraneuses. Durant la dernière décennie, le nombre de cas d’infections à C. difficile (ICD) a considérablement augmenté et C. difficile est devenue la bactérie responsable d’infections digestives nosocomiales la plus répandue dans les pays développés. Lors d’une ICD, la bactérie colonise l’intestin après une étape d’adhésion aux cellules épithéliales et produit ses toxines (TcdA et TcdB, éventuellement aussi une toxine binaire). Les interactions avec l’intestin de l’hôte sont cruciales pour l’infection et la surface de C. difficile est pleinement impliquée dans les différentes étapes de colonisation.
    Le métronidazole et la vancomycine sont les traitements de référence contre les infections à C. difficile. Or, des études sur la distribution dans les génomes de différentes souches de C. difficile d’un cluster de type vanG (responsable de la résistance à la vancomycine chez d’autres bactéries) montre une présence élevée allant jusqu’à 85%. Cependant, aucune résistance à la vancomycine n’a été rapportée à ce jour parmi les souches cliniques. L’ensemble de nos résultats suggère que l’absence de résistance à la vancomycine pourrait être due à des facteurs intrinsèques, empêchant les modifications du peptidoglycane, nécessaires à l’expression de la résistance. Il est à noter que le peptidoglycane est amidé sur le méso-DAP en présence de vancomycine. Une autre particularité du peptidoglycane de C. difficile est qu’il est largement déacétylé sur la glucosamine (93% des muropeptides). Ceci est potentiellement le résultat d’une partie de l’activité de 13 déacétylases potentielles codées dans le génome de C. difficile. Cette déacétylation est un atout, pour la bactérie, dans l’échappement aux défenses immunitaires innées de l’hôte. Enfin, nous avons déterminé que certaines protéines impliquées dans la colonisation et possédant un domaine commun (CWP) sont ancrées de façon non covalente au peptidoglycane via un polysaccharide neutre appelé PSII. Ces travaux suggèrent que la spécificité de paroi de C. difficile peut avoir une importance dans les phénomènes de résistances aux antibiotiques ainsi que dans les processus de colonisation.


    Invité par l’Equipe "Biologie Moléculaire des Corynébactéries et Mycobactéries"

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, campus Orsay


  • Mardi 20 octobre 2015 11:30-12:30 - Dr Nicolas Mirouze - Micalis, Jouy en Josas

    Bacterial differentiation, envelop adaptation, virulence and antibiotic resistance/tolerance

    Résumé : First, I will present recent results explaining the regulation of the bacterial cytoskeleton during competence in B. subtilis.
    During bacterial exponential growth, the morphogenetic actin-like MreB proteins form membrane-associated assemblies that move processively following trajectories perpendicular to the long axis of the cell. Such MreB structures are thought to scaffold and restrict the movement of peptidoglycan synthesizing machineries, thereby coordinating sidewall elongation. In Bacillus subtilis, this function is performed by the redundant action of three MreB isoforms, namely MreB, Mbl and MreBH. mreB and mbl are highly transcribed from vegetative promoters. We have found that their expression is maximal at the end of exponential phase, and rapidly decreases to a low basal level upon entering stationary phase. However, in cells developing genetic competence, a stationary phase physiological adaptation, expression of mreB was specifically reactivated by the central competence regulator ComK. In competent cells, MreB was found in complex with several competence proteins by in vitro pull-down assays. In addition, it co-localized with the polar clusters formed by the late competence peripheral protein ComGA, in a ComGA-dependent manner. ComGA has been shown to be essential for the inhibition of cell elongation characteristic of cells escaping the competence state. We show here that the pathway controlling this elongation inhibition also involves MreB. Our findings suggest that ComGA sequesters MreB to prevent cell elongation and therefore the escape from competence.
    In a second part, I will quickly present the scientific projects that will be developped in the future, the technologies that I propose to use as well as the collaboration already initiated.

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, Campus Orsay


  • Mardi 24 novembre 2015 11:30-12:30 - Laurent Debarbieux - Institut Pasteur, Paris Department of Microbiology-Unit "Molecular Biology of Gene in Extremophiles"

    Therapeutic Bacteriophages : from proofs of concept to clinical trials

    Résumé : Today, everyone, anywhere, can be infected by multidrug resistant (MDR) bacteria. The hope for the discovery of new antibiotics has lasted 25 years without any major breakthrough. In this context, research on bacteriophages, the natural biological enemies of bacteria have been reignited. Despite an early development started 100 years ago, Phage Therapy will not again be considered as a medical treatment, without experimental data demonstrating its efficacy in treating MDR infections.
    The past few years, we have performed several proofs of concept studies using various animal models, which support treatments for both pulmonary and gut infections. Recently, we started to delineate some limits on the medical use of bacteriophages. I will discuss how to move from the apparent simplicity of the fatal interaction between virulent bacteriophages and their hosts in vitro, to the complexity of defining pharmaceutical products to treat patients.
    Beside phage therapy, recent metagenomic data of microbiota and their associated viral populations (viromes) highlighted the paucity of our understanding of interactions between these two antagonist populations. Using simplified animal models we now aim to fill the gap between metagenomic and experimental data, which may lead to develop a guided manipulation of microbiota.
    Invité par l’équipe "Biologie Moléculaire des Corynébactéries et des Mycobactéries"

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400, Campus Orsay


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  • Vendredi 10 avril 2015 14:00-17:00 - Drago HAAS - I2BC - Département de Microbiologie

    Métabolisme secondaire de Streptomyces ambofaciens : exploration génomique et étude du groupe de gènes dirigeant la synthèse du sphydrofurane

    Résumé : Les bactéries du genre Streptomyces produisent de nombreux métabolites secondaires, dont certains possèdent des propriétés intéressantes en agriculture et en pharmaceutique. Avec le développement de la génomique, de nombreux outils bioinformatiques de recherche de groupes de gènes du métabolisme secondaire ont été développés au cours de la dernière décennie pour explorer les génomes. Ces outils sont basés sur la recherche de similarité de séquences et de ce fait, les clusters atypiques, constitués de gènes non caractérisés, ne peuvent être détectés par ces approches. L’isolement de tels clusters nécessite donc la mise en œuvre de nouvelles stratégies.
    La comparaison d’espèces d’Actinomycetes proches a révélé que les îlots génomiques, régions présentes dans un seul génome, sont très souvent enrichis en gènes du métabolisme secondaire. Nous avons participé (en collaboration avec les équipes d’Olivier Lespinet et de Pierre Leblond et Bertrand Aigle) au développement d’un outil, Break Viewer, permettant de localiser les îlots génomiques en comparant des génomes proches de Streptomyces. Cet outil a permis l’identification d’un îlot non détecté par les approches classiques, îlot dont l’étude a montré qu’il contenait un groupe de gènes du métabolisme secondaire. L’étude de ce groupe de gènes a montré qu’il dirige la synthèse de trois composés, le produit majoritaire étant le sphydrofurane. Une analyse fonctionnelle du cluster sphydrofurane a permis de déterminer les gènes impliqués dans la biosynthèse et la régulation de la biosynthèse du sphydrofurane et de proposer un modèle préliminaire pour la biosynthèse de ce métabolite.
    Mots clefs : Streptomyces, métabolisme secondaire, îlots génomiques, sphydrofurane.

    Lieu : Salle de Conférences Angelos Kalogeropoulos - Bâtiment 400 - Campus Orsay


  • Mardi 30 juin 2015 14:00-17:00 - Yannick RAOUL DES ESSARTS - I2BC - Département de Microbiologie

    Pathogénie de Dickeya dianthicola et Dickeya solani chez Solanum tuberosum, développement et évaluation de stratégies de lutte biologique

    Résumé : Chez S. tuberosum, les pathogènes bactériens Pectobacterium et Dickeya causent les maladies de la jambe noire et de la pourriture molle au champ et lors du stockage des tubercules. Outre les méthodes de prophylaxie, aucune méthode de lutte n’est efficace contre ces bactéries. La FN3PT/RD3PT mène des projets de recherche en phytopathologie et épidémiologie pour mieux comprendre les traits de vie et la physiologie de ces pathogènes, et proposer des solutions de lutte adaptées. L’objectif de ce travail était double : comparer le pouvoir pathogène de deux bactéries émergentes D. dianthicola et D. solani et étudier des stratégies de lutte biologique contre Pectobacterium et Dickeya. D’abord, deux souches isolées au champ, D. dianthicola RNS04.9 et D. solani 3337 ont été comparées au niveau de leur pouvoir pathogène sur tubercules et sur plante entière. Cette étape a nécessité la mise au point de pathosystèmes appropriés. D. dianthicola RNS04.9 apparait plus virulente que D. solani 3337 sur plante entière, alors que le contraire est observé sur tubercules. Une comparaison génomique complétée d’études fonctionnelles ont révélé l’exsitence de certains traits propres à chaque souche, notamment, le catabolisme de l’arabinose et de l’urée chez D. solani 3337 et celui du rhamnose chez D. dianthicola RNS04.9. Ensuite, un criblage d’isolats bactériens a été réalisé pour identifier des agents de lutte biologique capables d’inhiber la croissance de Dickeya et Pectobacterium. Six bactéries, des genres Pseudomonas ou Bacillus, ont été retenues. Les essais menés en serre ont montré l’efficacité d’une combinaison de trois Pseudomonas pour diminuer les symptômes de jambe noire causées parD. dianthicola et sa transmission à la descendance. La séquence du génome de ces agents de lutte biologique a été déterminée. Avec ces données, par qPCR, un maintien des agents de phytoprotection dans le sol a été observé. Enfin, un criblage de molécules chimiques a été réalisé sur la base de leur capacité anti-quorum-sensing pour réduire l’expression des facteurs de virulence chez Pectobacterium. Deux inhibiteurs du quorum-sensing ont été identifiés. En conclusion de ce travail, la possibilité de coupler différentes stratégies de lutte contre ces pathogènes pectinolytiques est discutée.
    Mots Clés : Dickeya, Jambe noire, Pourriture molle, stratégies de lutte biologique, S. tuberosum, Antibiose

    Lieu : Auditorium Bâtiment 21 - Campus de Gif Sur Yvette


  • Mercredi 23 septembre 2015 14:00-17:00 - Isabelle Jacques - I2BC - Département de Microbiologie

    Découverte et déchiffrage de nouvelles voies de biosynthèse dépendant des synthases de cyclodipeptides : les clés d’une diversité accrue de dicétopipérazines potentiellement bioactives

    Résumé : Malgré l’intérêt et la diversité des propriétés pharmacologiques des 2,5-dicétopipérazines (DKP), les voies de biosynthèse de ces molécules d’origine microbienne sont très peu connues. L’objectif de mes travaux de thèse a été i) de documenter de nouvelles voies de biosynthèse de DKP qui se caractérisent par la présence d’une synthase de cyclodipeptides (CDPS) travaillant souvent de concert avec une ou plusieurs enzymes de modification des cyclodipeptides et ii) d’explorer la diversité chimique codée par ces voies. Dans un premier temps, je me suis intéressée aux CDPS. Après la sélection par bioinformatique de candidats dans les bases de données génomiques, j’ai pu identifier 51 nouvelles CDPS actives et montrer que ces enzymes peuvent incorporer 17 des 20 acides aminés naturels. Par ailleurs, ce travail a permis de mieux caractériser la famille des CDPS, de définir l’existence de plusieurs sous-familles aux signatures fonctionnelles spécifiques et d’établir les premiers éléments d’un code de spécificité pour la synthèse de cyclodipeptides. Dans un second temps, je me suis attachée à caractériser les enzymes de modification associées aux nouvelles CDPS et, en particulier, les dioxygénases dépendant du Fe(II) et du 2-oxoglutarate (OG) qui sont très représentées dans ces voies. J’ai ainsi pu détecter une activité in vivo pour 11 OG et poursuivre la caractérisation in vitro pour l’une de ces OG, ce qui a permis de caractériser les DKP qu’elle synthétise et d’ainsi montrer la complexité des modifications chimiques introduites. L’ensemble de ces travaux a donc permis d’identifier et de caractériser de nouvelles voies de biosynthèse qui donnent accès à une diversité accrue de DKP.

    Lieu : Auditorium Bâtiment 21 - Campus Gif


  • Lundi 9 mai 2016 14:00-17:00 - Guillaume Manat - Département Microbiologie

    Étude fonctionnelle des undécaprényl-pyrophosphate phosphatases BacA et LpxT, enzymes membranaires impliquées dans la biogenèse de l’enveloppe bactérienne

    Résumé : In bacteria, the undecaprenyl-phosphate (C55-P) is used as a lipid carrier of glycans subunits across the plasma membrane. After synthesis of its precursor (C55-PP) by UppS, this latter must be dephosphorylated. The transfer of the glycans subunit onto a final acceptor molecule at the periplasmic side also releases C55-PP that will be dephosphorylated to be recycled. Four C55-PP membrane phosphatases have been identified in E. coli : three enzymes belonging to the PAP2 family (PgpB, YbjG and LpxT) and a protein belonging to a new family of phosphatases (BacA).
    In this study, we characterized the biochemical properties and membrane topology of BacA. The optimal conditions for its activity (pH, detergent, cation, temperature) were determined and narrow substrate specificity, with a preference for the C55-PP, was observed. Three essential residues to its activity, Glu21, Ser27 and Arg174 were identified by mutagenesis, allowing us to propose a catalytic mechanism based on the nucleophilic attack of the C55-PP by a serine residue. The membrane topology of BacA determined experimentally using protein fusions did not validated previous in silico models. Thus, BacA has 7 transmembrane segments and contains in particular two large periplasmic loops carrying the highly-conserved active site residues. Our results demonstrate that all C55-PP phosphatases of E. coli identified to date (BacA and PAP2) catalyze the dephosphorylation of C55-PP on the same side of the plasma membrane (periplasmic side), questioning us about the identity of the enzyme catalyzing the dephosphorylation of C55-PP synthesized de novo.
    LpxT is a PAP2 enzyme with a specific kinase activity, transferring the β-phosphate group of C55-PP on a molecule of lipid A, to generate lipid A-1-PP. We mapped, by directed mutagenesis, the active site of LpxT and highlighted the importance of a catalytic triad characteristic to the PAP2 enzymes (His150, His190, Asp194) and other specific residues of LpxT and its closer homologues. The activity of LpxT is inhibited by a small membrane peptide, called PmrR, whose expression is under the control of the two-component system PmrA-PmrB. Our study showed that this inhibition occurred via a direct interaction between these two partners. We showed that the induction of PmrA-PmrB system leads to resistance to the polymyxin B (cationic antimicrobial peptide) and sensitivity to deoxycholate (component major bile) and that the modification catalyzed LpxT produces an opposite effect. The robustness of the resistance to the polymyxin B is connected to the force of the signals inducing PmrA-PmrB system, but also the system PhoP-PhoQ and we clearly identified the signals needed to this resistance in E. coli.
    Keywords : undecaprenyl-phosphate, phosphatases, integral membrane proteins, bacterial envelope, two-component system, antibiotic resistance, polysaccharides.
    Team : Bacterial Cell Envelopes and Antibiotics
    PhD Director : Dominique Mengin Lecreulx

    Lieu : Salle de Conférences Edgard Lederer - Bâtiment 430, Campus Orsay.


  • Vendredi 5 août 2016 14:00-17:00 - Jorge OSMAN NAOUM - I2BC

    Étude des populations bactériennes des écosystèmes des sols oligotrophes en utilisant des technologies de séquençage à haut débit

    Résumé : "Où peut-on trouver des microbes, et comment survivent-ils dans ces lieux ?" sont des questions essentielles afin de comprendre la vie sur Terre. Les populations bactériennes du sol sont connues pour jouer un rôle important dans les cycles biogéochimiques, l’entretien des sols, les effets climatiques et l’agriculture. Dans ce travail, j’ai utilisé la technique de pyroséquençage, via le produit d’une PCR d’ADNr 16S amplifiée extraite d’ADN totale, afin de révéler les populations bactériennes présentes dans quatre environnements inhabituels et oligotrophes différents : A. Les écosystèmes saumâtres sont largement distribués sur Terre et sont représentés par des systèmes aquifères salés et des sols salins. Nous avons examiné la composition bactérienne des sédiments des estuaires, sols saumâtres et des échantillons de sol sablonneux de la région de Camargue, échantillonnés pendant deux années consécutives. Les membres appartenant au phylum Proteobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Firmicutes, Acidobacteria et Actinobactéries ont été trouvés principalement dans les sols et sédiments. Nous avons constaté que les membres de ces groupes bactériens étaient associés principalement à des bactéries halophiles, sulfatoréductrices (SRB), nitratoréductrices et coliformes, dont leurs proportions ont probablement été affectées par la salinité et leurs localisations géographiques. B. Les bactéries associées à la rhizosphère des plantes sont connues pour jouer un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques, la nutrition des plantes et la lutte biologique contre les maladies végétales. Nous avons examiné les populations bactériennes de la rhizosphère du riz (Oryza sativa) en fin de croissance dans la région de la Camargue en 2013 et 2014. Les populations bactériennes les plus abondantes se sont révélées être des membres appartenant au phylum Proteobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi et Gemmatimonadetes. Les genres bactériens auxquels appartiennent ces différents phylums sont connus pour participer dans des processus biogéochimiques du sol, tel que la nitrification, la dénitrification, l’oxydation, ainsi que comme agents de control biologique. Les proportions bactériennes trouvées varient considérablement en fonction de leur localisation géographique et selon l’année d’échantillonnage. C. Nous avons examiné les sols de surface de "Padza de Dapani" situés sur l’île de Mayotte au large de la côte est de l’Afrique, car cette région n’est pas un vrai désert, mais y ressemble due à l’érosion du sol. Les sols de Mayotte sont acides, oligotrophes et minéralisées, et leur population bactérienne principale appartient aux phylums des Actinobactéries, Proteobacteria et Acidobacteria. Un fait intéressant, les membres des genres Acinetobacter, Arthrobacter, Burkholderia et Bacillus sont prédominants dans nos échantillons, comme observé dans des déserts (asiatiques) chauds et jouant probablement un rôle dans la minéralisation des sols, expliquant la désertification. D. Les régions arides de la Terre constituent > de 30% de la surface continentale et les sols oligotrophes sont soumis à des facteurs nvironnementaux difficiles tels que la faible pluviométrie moyenne annuelle, l’exposition aux UV et les grandes fluctuations de température. Nous avons examiné les populations bactériennes présentes dans la rhizosphère des plantes pionnières et les sols de surface du désert de Jizan d’Arabie Saoudite. Les phylums bactériens les plus abondants appartiennent aux groupes des Bacteroidetes, Proteobacteria et Firmicutes qui diffèrent entre la rhizosphère des plantes étudiées par rapport à la surface du sol, à l’exception de la plante "Panicum Turgidum" qui contient des proportions élevées (70%) des membres appartenant au genre Flavobacterium.
    Mots-clés : diversité bacterienne,ARNr 16S,Pyroséquençage,sol
    Directeur de thèse : Mickaël Dubow, équipe Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms


  • Mardi 20 septembre 2016 14:00-17:00 - Libera LATINO

    Pseudolysogeny and sequential mutations build multiresistance to virulent bacteriophages in Pseudomonas aeruginosa

    Résumé : Bacteriophages are used in different countries in addition to antibiotics to treat bacterial infections. Despite the hopes raised by this approach to fight multidrug-resistant bacteria, it is essential to show that the fate of bacteria can be controlled, in terms of resistance, after the treatment.
    This project aimed to study the mechanisms of resistance that Pseudomonas aeruginosa, one of the major source of nosocomial infections, employs against lytic phages used to constitute cocktails for phage therapy. The phage-resistant variants that we isolated showed alterations of the phage receptor, preventing phage adsorption on the bacterial surface and the initiation of infection. Moreover, we have shown that, in some variants, phage-resistance was due to the persistence of the viral genome into the bacteria, in a state defined as pseudolysogeny, allowing the continuous evolution of the bacterial population by selecting for new mutants.

    Lieu : Salle de Conférences - Bâtiment 400, Campus d’Orsay


  • Lundi 12 décembre 2016 14:00-17:00 - Majorie LEVEFAUDES

    Etudes des mécanismes d’amidation du peptidoglycane et du rôle de ces modifications chez Corynebacterium glutamicum

    Résumé : L’enveloppe des Corynebacteriales est qualifiée d’atypique. La structure et la composition uniques de cette enveloppe bactérienne, ainsi que les nombreuses espèces pathogènes appartenant à cet ordre en font un thème majeur d’intérêt. La recherche par mon laboratoire de nouveaux facteurs impliqués dans la biogénèse et le maintien de l’enveloppe a mené à l’identification du gène Ncgl2116 (ltsA) codant une glutamine amidotransférase. Son orthologue avait déjà été étudié chez Lactobacillus plantarum et identifié comme responsable de l’amidation d’un des résidus du peptidoglycane : l’acide meso-diaminopimélique (DAP). Parmi les modifications connues du PG chez les Corynebacteriales, on trouve l’amidation de 2 résidus le DAP et le D-glutamate. Cette étude s’est focalisée sur les enzymes réalisant ces amidations, les mécanismes enzymatiques impliqués et les rôles physiologiques de ces modifications.
    Equipe Biologie Moléculaire des Corynébactéries et Mycobactéries

    Lieu : Salle de conférence - Bâtiment 400, campus d’Orsay


  • Jeudi 26 janvier 14:00-18:00 - Matteo COSSU

    Genomic evolution of Archaea Thermococcales

    Résumé : The main goal of my PhD project is to investigate the genomic evolution of the Archaea Thermococcales order. I am interested in understanding how mobile genetic elements (MGE) can influence the evolution of genomes.
    Using a multidisciplinary approach, we were able to explore the different aspects of this phenomenon in silico, in vitro and in vivo. Through in silico analyses of all available completely sequenced Thermococcales genomes, we showed that this order displays a characteristic high level of rearrangements potentially disrupting gene expression patterns.
    In a first approach, we investigated the existence of chromosomal organization. The inefficiency in predicting origin and termination of replication on the sole basis of chromosomal DNA composition or skew, motivated us to use a different approach based on biologically relevant sequences. We determined the position of the origin of replication (oriC) in all 21 sequenced Thermococcales genomes. The potential position of the termination was predicted in 19 genomes at or near the dif site, where chromosome dimers are resolved before DNA segregation. Computation of the core genome uncovered a number of essential gene clusters with a remarkably stable chromosomal position across species, using oriC as reference.
    On the other hand, core-free regions appear to correspond to putative integrated mobile elements. These observations indicate that a remarkable degree of “order” has been maintained across Thermococcales even if they display highly scrambled chromosomes, with inversions being especially frequent (1).
    The discovery and characterization of a new organism, Thermococcus nautili (2) allowed us to better understand the underlying mechanism causing these inversions.
    The sequencing and in silico analysis of its genome (3) strongly suggested the involvement of a new class of tyrosine recombinases in genomic plasticity. T. nautili pTN3 plasmid,which is found integrated into the chromosome and also self-replicating (4) encodes an integrase belonging to this class. Similar plasmids have also been found integrated in the chromosome of other sequenced Thermococcales (e.g. TKV4 in T. kodakarensis) (5).
    In order to test its enzymatic activity, we overproduced and purified the integrase encoded by pTN3. In vitro experiments first determined the minimal sequence segment required for integrase activity and optimized the enzymatic reaction in vitro. With the same strategy, we demonstrated the excision/integration reaction observed with other tyrosine recombinases.
    Additionally, the in vivo excision of a related integrated element (TKV4 from T. kodakarensis) by the pTN3 integrase was performed during this study. The IntpTN3 gene has been cloned into an E. coli/Thermococcus shuttle vector for transformation and expression in T. kodakarensis.
    After incubation, cells showed the presence of the TKV4-integrated element in free circular form. Finally, we were able to mimic in vitro chromosomal inversion using synthetic substrates containing integration target sequences. We were also able to show that pTN3 integrase possesses an activity which can mediate large scale genomic inversions using different sites and therefore explain the rearrangements observed in Thermococcales (Cossu et al, in prep).
    - 1. Cossu, M., Da Cunha, V., Toffano-Nioche, C., Forterre, P., and Oberto, J. (2015) Comparative genomics reveals conserved positioning of essential genomic clusters in highly rearranged Thermococcales chromosomes. Biochimie 118, 313-321
    - 2. Gorlas, A., Croce, O., Oberto, J., Gauliard, E., Forterre, P., and Marguet, E. (2014) Thermococcus nautili sp. nov., a hyperthermophilic archaeon isolated from a hydrothermal deep-sea vent. International journal of systematic and evolutionary microbiology 64, 1802-1810
    - 3. Oberto, J., Gaudin, M., Cossu, M., Gorlas, A., Slesarev, A., Marguet, E., and Forterre, P. (2014) Genome Sequence of a Hyperthermophilic Archaeon, Thermococcus nautili 30-1, That Produces Viral Vesicles. Genome announcements 2
    - 4. Gaudin, M., Krupovic, M., Marguet, E., Gauliard, E., Cvirkaite-Krupovic, V., Le Cam, E., Oberto, J., and Forterre, P. (2013) Extracellular membrane vesicles harbouring viral genomes. Environmental microbiology
    - 5. Krupovic, M., and Bamford, D. H. (2008) Archaeal proviruses TKV4 and MVV extend the PRD1-adenovirus lineage to the phylum Euryarchaeota. Virology 375, 292-300

    Lieu : Salle de séminaires - Bâtiment 400, campus d’Orsay


  • Mardi 28 février 14:00-17:00 - Aude BRETON

    Extraction, Caractérisation et Détoxification des Endotoxines pour des Applications chez l’homme

    Résumé : Mots-clés : Endotoxines, système immunitaire, structure-activité, lipide A, adjuvanticité, méthodes analytiques
    Equipe Endotoxines, Structures et Réponses de l’hôte

    Lieu : Salle Schaeffer - Bâtiment 409, Campus d’Orsay


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  • Lundi 7 décembre 2015 10:00-16:30 -

    Workshop on Symbiosis and Antimicrobial Peptides

    Résumé : 10h00 Peter Mergaert, CNRS, Gif-sur-Yvette, France
    Introduction : Are antimicrobial peptides universal and ancient mediators of symbiotic interactions ?
    10h45 Eric Giraud, IRD, Montpellier, France
    Differentiation of bacteroids during Aeschynomene/Bradyrhizobium symbiosis
    11h30 Philippe Normand, CNRS, Villeurbanne, France
    Physiological role of Alnus peptides on the symbiotic actinobacterium Frankia
    14h00 Yoshitomo Kikuchi, AIST, Sapporo, Japan
    Stinkbug-Burkholderia gut symbiosis : a novel model system to elucidate molecular bases underpinning insect-microbe endosymbioses
    14h45 Shuji Shigenobu, NIBB, Okazaki, Japan
    Aphids evolved novel secreted proteins for symbiosis with bacterial endosymbiont
    15h30 Eva Nowack, University of Düsseldorf, Germany
    Paulinella chromatophora - Exploring molecular mechanisms for establishing a photosynthetic organelle
    16h15 Closing
    Pour télécharger le programme...(pdf)

    Lieu : Auditorium - Bâtiment 21, Campus de Gif


  • Mardi 22 mars 2016 09:00-18:30 -

    Focus on microbial metabolism

    Résumé : Cette année les présentations se feront toutes en anglais. Vous trouverez ci-joint le programme.
    L’inscription est gratuite mais obligatoire , via doodle : http://doodle.com/poll/ukbk4kzzuvpm9spp
    Programme (pdf)

    Lieu : Auditorium - Bâtiment 21, campus de gif


  • Vendredi 28 avril 09:00-18:00 -

    Journée microbiologie

    Résumé : Cette année, la thématique de la journée portera sur : Interactions des micro-organismes avec l’environnement/hôte.
    Programme
    Pour les personnes extérieur à l’I2BC, l’inscription est gratuite mais obligatoire avant le 18 avril 2017 sur le lien : https://doodle.com/poll/pvfty6ysdsdgz5w9

    Lieu : Auditorium - Bâtiment 21, campus de gif


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