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Accueil > Départements > Microbiologie > Michael DUBOW : Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms

Génomes et Polymorphismes

La pression évolutive imposée par les bactériophages sur leur hôte est un facteur majeur de la diversité génétique des espèces bactériennes.

Projet

Bacteriophages and pyocins

Nos recherches portent sur l’étude du rôle des bactériophages dans l’émergence de mutants, aussi bien au sein de communautés microbiennes naturelles que dans le contexte de l’utilisation de ces virus pour la thérapie (phagothérapie).
Les mécanismes de résistance des bactéries à l’adsorption des phages peuvent modifier leur capacité à former des biofilms, à se déplacer sur un support ou à interagir avec d’autres organismes.

Swarming motility on semisolid agar 0.5%

Notre modèle d’étude est l’espèce Pseudomonas aeruginosa qui présente une importante variabilité phénotypique et dont le génome montre une grande plasticité Les technologies de séquençage massif offrent des possibilités sans précédent pour l’identification des mécanismes bactériens de résistance aux bactériophages, en réponse à une infection naturelle ou thérapeutique. Nous disposons d’une large collection de bactériophages, pour la plupart lytiques, parfaitement caractérisés, et nous permettant d’aborder différents aspects des interactions entre virus et bactéries. La caractérisation de variants bactériens résistants à ces phages révèle des mécanismes nouveaux à la fois au niveau du cycle de multiplication des phages et des défenses bactériennes.

Pseudomonas aeruginosa siphovirus Ors12
Pseudomonas aeruginosa siphovirus Ab30

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Liens associés

http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr (site dédié au génotypage)
http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr (la base CRISPR)
http://bacteriophages.igmors.u-psud.fr (le site des phages de l’équipe)
http://minisatellites.u-psud.fr (le portail de l’équipe)

Mots-clés

bactéries pathogènes, maladies infectieuses, phages, phagothérapie, bases de données, génomique, évolution, CRISPR

Membres de l’équipe

Christine POURCEL
Gilles VERGNAUD
David CHRISTIANY

Contact


POURCEL Christine [Chercheur bénévole - UPSud - CDD]
Equipe Dubow M. - Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms
01 69 15 30 01 Orsay - Bât 400


VERGNAUD Gilles [Chercheur bénévole - UPSud - CDD]
Chercheurs rattachés à la direction
Equipe Dubow M. - Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms
Orsay - Bât 400

Les dix dernières publications

PLoS One. 2015;10(8):e0135310
Development of a Multiple Loci Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA) to Unravel the Intra-Pathovar Structure of Pseudomonas syringae pv. actinidiae Populations Worldwide. Authors: Ciarroni S, Gallipoli L, Taratufolo MC, Butler MI, Poulter RT, Pourcel C, Vergnaud G, Balestra GM, Mazzaglia A [PubMed]

J Clin Microbiol. 2015 Oct;53(10):3182-94
Molecular Epidemiology of Mycoplasma pneumoniae : Genotyping Using Single Nucleotide Polymorphisms and SNaPshot Technology. Authors: Touati A, Blouin Y, Sirand-Pugnet P, Renaudin H, Oishi T, Vergnaud G, Bébéar C, Pereyre S [PubMed]

PLoS One. 2015;10(6):e0130548
Investigation of a Large Collection of Pseudomonas aeruginosa Bacteriophages Collected from a Single Environmental Source in Abidjan, Côte d'Ivoire. Authors: Essoh C, Latino L, Midoux C, Blouin Y, Loukou G, Nguetta SP, Lathro S, Cablanmian A, Kouassi AK, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

Infect Genet Evol. 2015 Jul;33:233-41
A novel multiple locus variable number of tandem repeat (VNTR) analysis (MLVA) method for Propionibacterium acnes. Authors: Hauck Y, Soler C, Gérôme P, Vong R, Macnab C, Appere G, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

Environ Microbiol. 2015 Nov;17(11):4306-21
Generation of a CRISPR database for Yersinia pseudotuberculosis complex and role of CRISPR-based immunity in conjugation. Authors: Koskela KA, Mattinen L, Kalin-Mänttäri L, Vergnaud G, Gorgé O, Nikkari S, Skurnik M [PubMed]

PLoS One. 2017;12(6):e0180603
Correction : Comparison of French and Worldwide Bacillus anthracis Strains Favors a Recent, Post-Columbian Origin of the Predominant North-American Clade. Authors: Vergnaud G, Girault G, Thierry S, Pourcel C, Madani N, Blouin Y [PubMed]

Microbiology. 2017 Jun;163(6):848-855
Fine structure analysis of lipopolysaccharides in bacteriophage-resistant Pseudomonas aeruginosa PAO1 mutants. Authors: Latino L, Caroff M, Pourcel C [PubMed]

J Microbiol Methods. 2016 Jun 11;127:176-181
A new genotyping scheme based on MLVA for inter-laboratory surveillance of Streptococcus pyogenes. Authors: Imperi M, Pittiglio V, D'Avenio G, Gherardi G, Ciammaruconi A, Lista F, Pourcel C, Baldassarri L, Creti R [PubMed]

J Gen Virol. 2017 Aug 04;:
A carrier state is established in Pseudomonas aeruginosa by phage LeviOr01, a newly isolated ssRNA levivirus. Authors: Pourcel C, Midoux C, Vergnaud G, Latino L [PubMed]

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Brucella spp. of amphibians comprise genomically diverse motile strains competent for replication in macrophages and survival in mammalian hosts. Authors: Al Dahouk S, Köhler S, Occhialini A, Jiménez de Bagüés MP, Hammerl JA, Eisenberg T, Vergnaud G, Cloeckaert A, Zygmunt MS, Whatmore AM, Melzer F, Drees KP, Foster JT, Wattam AR, Scholz HC [PubMed]

PLoS One. 2016;11(2):e0146216
Comparison of French and Worldwide Bacillus anthracis Strains Favors a Recent, Post-Columbian Origin of the Predominant North-American Clade. Authors: Vergnaud G, Girault G, Thierry S, Pourcel C, Madani N, Blouin Y [PubMed]

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Large Preferred Region for Packaging of Bacterial DNA by phiC725A, a Novel Pseudomonas aeruginosa F116-Like Bacteriophage. Authors: Pourcel C, Midoux C, Hauck Y, Vergnaud G, Latino L [PubMed]

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Russian isolates enlarge the known geographic diversity of Francisella tularensis subsp. mediasiatica. Authors: Timofeev V, Bakhteeva I, Titareva G, Kopylov P, Christiany D, Mokrievich A, Dyatlov I, Vergnaud G [PubMed]

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Pseudolysogeny and sequential mutations build multiresistance to virulent bacteriophages in Pseudomonas aeruginosa. Authors: Latino L, Midoux C, Hauck Y, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

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Brucella vulpis sp. nov., isolated from mandibular lymph nodes of red foxes (Vulpes vulpes). Authors: Scholz HC, Revilla-Fernández S, Al Dahouk S, Hammerl JA, Zygmunt MS, Cloeckaert A, Koylass M, Whatmore AM, Blom J, Vergnaud G, Witte A, Aistleitner K, Hofer E [PubMed]

Genome Announc. 2016;4(2)
Complete Genome Sequence of PM105, a New Pseudomonas aeruginosa B3-Like Transposable Phage. Authors: Pourcel C, Midoux C, Bourkaltseva M, Pleteneva E, Krylov V [PubMed]

Genome Announc. 2016 Nov 17;4(6):
Complete Genome Sequences of Pseudomonas aeruginosa Phages vB_PaeP_PcyII-10_P3P1 and vB_PaeM_PcyII-10_PII10A. Authors: Pourcel C, Midoux C, Latino L, Petit MA, Vergnaud G [PubMed]

Antimicrob Agents Chemother. 2017 Feb 13;:
Clinical relevance of FASII bypass in Staphylococcus aureus. Authors: Gloux K, Guillemet M, Soler C, Morvan C, Halpern D, Pourcel C, Vu Thien H, Lamberet G, Gruss A [PubMed]

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