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Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale

publié le , mis à jour le

Agenda

  • Vendredi 11 décembre 13:00-17:00 - Chloé Quignot - Equipe Assemblage moléculaire et intégrité du génome

    Exploration and structural modelling of protein interactions using evolutionary information

    Résumé : Les protéines sont des acteurs centraux du vivant et agissent rarement seules. La structure 3D de leurs interactions aide à mieux comprendre les mécanismes des processus biologiques dans lesquels elles sont impliquées.
    L’objectif de cette thèse était d’améliorer la performance des méthodes de prédiction structurale, notamment en utilisant l’information de (co-)évolution. J’ai participé à des évolutions majeures de notre serveur de docking, InterEvDock2, qui, à partir de deux protéines, propose 10 modèles d’interface en croisant des scores aux propriétés différentes. Le serveur accepte désormais aussi en entrée des structures oligomériques ou des séquences protéiques, pour lesquelles il modélise la structure monomérique, ainsi que des contraintes connues a priori sur l’interaction. Sur un large ensemble de 812 cas test, InterEvDock2 prédit une structure de complexe correcte dans 32 % des cas. J’ai ensuite recherché un moyen plus explicite d’intégrer dans les fonctions de score l’information évolutive contenue dans les alignements de séquences. J’ai rendu cette information compatible avec l’utilisation de scores atomiques par la modélisation 3D des interfaces homologues. Ceci améliore la performance prédictive de 32 à 40% sur une large base de test. De plus, durant ma thèse, j’ai pu participer à 10 tests de docking à l’aveugle via CAPRI (Critical Assessment of Predicted Interactions). Les stratégies qui ont permis à notre équipe d’être classée première sur la période 2016-2019 sont décrites dans le dernier chapitre de ce manuscrit.
    Ce travail vise à aider les biologistes à étudier les protéines ou voies biologiques d’intérêt en utilisant des méthodes de prédiction performantes et constitue un pas en avant dans l’objectif final de la prédiction des interactomes.

    Lieu : Soutenance en Visio


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