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Accueil > Départements > Microbiologie > Anciennes équipes du département > Michael DUBOW : Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms

Génomes et Polymorphismes

La pression évolutive imposée par les bactériophages sur leur hôte est un facteur majeur de la diversité génétique des espèces bactériennes.

Projet

Bacteriophages and pyocins

Nos recherches portent sur l’étude du rôle des bactériophages dans l’émergence de mutants, aussi bien au sein de communautés microbiennes naturelles que dans le contexte de l’utilisation de ces virus pour la thérapie (phagothérapie).
Les mécanismes de résistance des bactéries à l’adsorption des phages peuvent modifier leur capacité à former des biofilms, à se déplacer sur un support ou à interagir avec d’autres organismes.

Swarming motility on semisolid agar 0.5%

Notre modèle d’étude est l’espèce Pseudomonas aeruginosa qui présente une importante variabilité phénotypique et dont le génome montre une grande plasticité Les technologies de séquençage massif offrent des possibilités sans précédent pour l’identification des mécanismes bactériens de résistance aux bactériophages, en réponse à une infection naturelle ou thérapeutique. Nous disposons d’une large collection de bactériophages, pour la plupart lytiques, parfaitement caractérisés, et nous permettant d’aborder différents aspects des interactions entre virus et bactéries. La caractérisation de variants bactériens résistants à ces phages révèle des mécanismes nouveaux à la fois au niveau du cycle de multiplication des phages et des défenses bactériennes.

Pseudomonas aeruginosa siphovirus Ors12
Pseudomonas aeruginosa siphovirus Ab30

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Liens associés

http://microbesgenotyping.i2bc.paris-saclay.fr (site dédié au génotypage)
http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr (la base CRISPR)
http://bacteriophages.igmors.u-psud.fr (le site des phages de l’équipe)
http://minisatellites.u-psud.fr (le portail de l’équipe)

Mots-clés

bactéries pathogènes, maladies infectieuses, phages, phagothérapie, bases de données, génomique, évolution, CRISPR

Membres de l’équipe

Christine POURCEL
Gilles VERGNAUD
Jean-Philippe VERNADET

Contact


POURCEL Christine [Chercheur bénévole - UPSaclay - CDD]
Séquence, Structure et Fonction des ARN
01 69 82 62 10 Orsay - Bât 400


VERGNAUD Gilles [Chercheur bénévole - UPSaclay - CDD]
Séquence, Structure et Fonction des ARN
01 69 82 62 09 Orsay - Bât 400

Les dernières publications

Gut Pathog. 2017;9:72
Correction to : CRISPR-like sequences in Helicobacter pylori and application in genotyping. Authors: Bangpanwimon K, Sottisuporn J, Mittraparp-Arthorn P, Ueaphatthanaphanich W, Rattanasupar A, Pourcel C, Vuddhakul V [PubMed]

Biol Aujourdhui. 2017;211(4):247-254
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Front Microbiol. 2019;10:1897
Genetic Diversity of Brucella melitensis in Kazakhstan in Relation to World-Wide Diversity. Authors: Shevtsova E, Vergnaud G, Shevtsov A, Shustov A, Berdimuratova K, Mukanov K, Syzdykov M, Kuznetsov A, Lukhnova L, Izbanova U, Filipenko M, Ramankulov Y [PubMed]

Front Microbiol. 2020;11:284
Omp2b Porin Alteration in the Course of Evolution of Brucella spp. Authors: Cloeckaert A, Vergnaud G, Zygmunt MS [PubMed]

PLoS One. 2015;10(8):e0135310
Development of a Multiple Loci Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA) to Unravel the Intra-Pathovar Structure of Pseudomonas syringae pv. actinidiae Populations Worldwide. Authors: Ciarroni S, Gallipoli L, Taratufolo MC, Butler MI, Poulter RT, Pourcel C, Vergnaud G, Balestra GM, Mazzaglia A [PubMed]

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Investigation of a Large Collection of Pseudomonas aeruginosa Bacteriophages Collected from a Single Environmental Source in Abidjan, Côte d'Ivoire. Authors: Essoh C, Latino L, Midoux C, Blouin Y, Loukou G, Nguetta SP, Lathro S, Cablanmian A, Kouassi AK, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

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A novel multiple locus variable number of tandem repeat (VNTR) analysis (MLVA) method for Propionibacterium acnes. Authors: Hauck Y, Soler C, Gérôme P, Vong R, Macnab C, Appere G, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

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Generation of a CRISPR database for Yersinia pseudotuberculosis complex and role of CRISPR-based immunity in conjugation. Authors: Koskela KA, Mattinen L, Kalin-Mänttäri L, Vergnaud G, Gorgé O, Nikkari S, Skurnik M [PubMed]

Front Microbiol. 2018;9:1545
Genotypic Expansion Within the Population Structure of Classical Brucella Species Revealed by MLVA16 Typing of 1404 Brucella Isolates From Different Animal and Geographic Origins, 1974-2006. Authors: Vergnaud G, Hauck Y, Christiany D, Daoud B, Pourcel C, Jacques I, Cloeckaert A, Zygmunt MS [PubMed]

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Revised interpretation of the Hain Lifescience GenoType MTBC to differentiate Mycobacterium canettii and members of the M. tuberculosis complex. Authors: Loiseau C, Brites D, Moser I, Coll F, Pourcel C, Robbe-Austerman S, Escuyer V, Musser KA, Peacock SJ, Feuerriegel S, Kohl TA, Niemann S, Gagneux S, Köser CU [PubMed]

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Fine structure analysis of lipopolysaccharides in bacteriophage-resistant Pseudomonas aeruginosa PAO1 mutants. Authors: Latino L, Caroff M, Pourcel C [PubMed]

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Investigation of Pseudomonas aeruginosa strain PcyII-10 variants resisting infection by N4-like phage Ab09 in search for genes involved in phage adsorption. Authors: Latino L, Midoux C, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

J Bacteriol. 2019 Apr 15;:
Impact of FiuA outer-membrane receptor polymorphism on the resistance of Pseudomonas aeruginosa towards peptidoglycan lipid II-targeting PaeM pyocins. Authors: Latino L, Patin D, Chérier D, Touzé T, Pourcel C, Barreteau H, Mengin-Lecreulx D [PubMed]

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A new genotyping scheme based on MLVA for inter-laboratory surveillance of Streptococcus pyogenes. Authors: Imperi M, Pittiglio V, D'Avenio G, Gherardi G, Ciammaruconi A, Lista F, Pourcel C, Baldassarri L, Creti R [PubMed]

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A carrier state is established in Pseudomonas aeruginosa by phage LeviOr01, a newly isolated ssRNA levivirus. Authors: Pourcel C, Midoux C, Vergnaud G, Latino L [PubMed]

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Molecular characterization of Brucella species from Zimbabwe. Authors: Ledwaba MB, Gomo C, Lekota KE, Le Flèche P, Hassim A, Vergnaud G, van Heerden H [PubMed]

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Insights from Bacillus anthracis strains isolated from permafrost in the tundra zone of Russia. Authors: Timofeev V, Bahtejeva I, Mironova R, Titareva G, Lev I, Christiany D, Borzilov A, Bogun A, Vergnaud G [PubMed]

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CRISPRCasdb a successor of CRISPRdb containing CRISPR arrays and cas genes from complete genome sequences, and tools to download and query lists of repeats and spacers. Authors: Pourcel C, Touchon M, Villeriot N, Vernadet JP, Couvin D, Toffano-Nioche C, Vergnaud G [PubMed]

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Brucella spp. of amphibians comprise genomically diverse motile strains competent for replication in macrophages and survival in mammalian hosts. Authors: Al Dahouk S, Köhler S, Occhialini A, Jiménez de Bagüés MP, Hammerl JA, Eisenberg T, Vergnaud G, Cloeckaert A, Zygmunt MS, Whatmore AM, Melzer F, Drees KP, Foster JT, Wattam AR, Scholz HC [PubMed]

PLoS One. 2016;11(2):e0146216
Comparison of French and Worldwide Bacillus anthracis Strains Favors a Recent, Post-Columbian Origin of the Predominant North-American Clade. Authors: Vergnaud G, Girault G, Thierry S, Pourcel C, Madani N, Blouin Y [PubMed]

PLoS One. 2017;12(1):e0169684
Large Preferred Region for Packaging of Bacterial DNA by phiC725A, a Novel Pseudomonas aeruginosa F116-Like Bacteriophage. Authors: Pourcel C, Midoux C, Hauck Y, Vergnaud G, Latino L [PubMed]

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Russian isolates enlarge the known geographic diversity of Francisella tularensis subsp. mediasiatica. Authors: Timofeev V, Bakhteeva I, Titareva G, Kopylov P, Christiany D, Mokrievich A, Dyatlov I, Vergnaud G [PubMed]

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Characterization of sixteen Achromobacter xylosoxidans phages from Abidjan, Côte d'Ivoire, isolated on a single clinical strain. Authors: Essoh C, Vernadet JP, Vergnaud G, Coulibaly A, Kakou-N'Douba A, N'Guetta AS, Ouassa T, Pourcel C [PubMed]

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CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins. Authors: Couvin D, Bernheim A, Toffano-Nioche C, Touchon M, Michalik J, Néron B, C Rocha EP, Vergnaud G, Gautheret D, Pourcel C [PubMed]

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Recovery and Characterization of Bacteria Resisting Infection by Lytic Bacteriophage. Authors: Latino L, Pourcel C [PubMed]

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Clinical features of Mycobacterium canettii infection : a retrospective study of 20 cases among French soldiers and relatives. Authors: Briquet A, Vong R, Roseau JB, Javelle E, Cazes N, Rivière F, Aletti M, Otto MP, Ficko C, Duron S, Fabre M, Pourcel C, Simon F, Soler C [PubMed]

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