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Les événements du mois


  • Génomes

    • Vendredi 20 septembre 11:00-12:00 - Christian MUCHARDT - Institut Pasteur, Paris

      Regulation of transcription initiation and mRNA maturation by silencing machineries

      Résumé : Machineries imposing long-term transcriptional repression – or transcriptional gene silencing – are essential to prevent expression of repeated and potentially mobile DNA elements, and to ensure the timely and robust transcriptional repression of genes involved in cell differentiation and development. Yet, silencing machineries also participate in transcriptional regulation of inducible genes. In particular, many genes involved in innate immune defense are regulated by members of the HP1 family, keeping them in check in the absence of stimulation, but also regulating their alternative splicing while they are expressed. These mechanisms will be discussed in the context of autoimmune diseases and ageing.

      Contact : BETERMIER Mireille (Mireille.BETERMIER

      Lieu : Salle des séminaires - bâtiment 26 - campus de Gif-sur-Yvette


    • Vendredi 27 septembre 11:00-12:00 - Frederic FROTTIN - Max Planck Institute of Biochemistry, D-82152 Martinsried, Germany

      Phasing-in protein quality control in the nucleus : the nucleolus is a phase-separated protein quality control compartment with novel chaperone-like properties.

      Résumé : Protein quality control in the nucleus is not well understood. The nucleus contains several non-membrane bound subcompartments forming liquid-like condensates. The largest of these is the nucleolus, the site of ribosome biogenesis. Metastable nuclear proteins that misfold upon heat stress enter the nucleolus where they avoid irreversible aggregation and remain competent for Hsp70 dependent refolding upon recovery from stress. Prolonged stress or the uptake of proteins associated with neurodegenerative diseases resulted in loss of reversibility. These findings demonstrate how the properties of a phase-separated compartment can be utilized in protein quality control, a fundamental biological function.
      Recent publications :
      The nucleolus functions as a phase-separated protein quality control compartment.
      Frottin F, Schueder F, Tiwary S, Gupta R, Körner R, Schlichthaerle T, Cox J, Jungmann R, Hartl FU, Hipp MS.
      Science. 2019 Jul 11. pii : eaaw9157. doi : 10.1126/science.aaw9157. [Epub ahead of print]
      In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment.
      Guo Q, Lehmer C, Martínez-Sánchez A, Rudack T, Beck F, Hartmann H, Pérez-Berlanga M, Frottin F, Hipp MS, Hartl FU, Edbauer D, Baumeister W, Fernández-Busnadiego R.
      Cell. 2018 Feb 8 ;172(4):696-705.e12. doi : 10.1016/j.cell.2017.12.030. Epub 2018 Feb 1.
      Soluble Oligomers of PolyQ-Expanded Huntingtin Target a Multiplicity of Key Cellular Factors.
      Kim YE, Hosp F, Frottin F, Ge H, Mann M, Hayer-Hartl M, Hartl FU.
      Mol Cell. 2016 Sep 15 ;63(6):951-64. doi : 10.1016/j.molcel.2016.07.022. Epub 2016 Aug 25.

      Lieu : Bibliothèque - bâtiment 34 - campus de Gif-sur-Yvette


    • Vendredi 4 octobre 11:00-12:00 - Johan DECELLE - Plant and Cell Physiology lab, Université Grenoble

      Algal farming in planktonic symbiosis through structural and metabolic transformation

      Résumé : Photosymbiosis between single-celled hosts and microalgae is widely distributed in the oceanic plankton. However, the functioning of this ecologically-important interaction remains enigmatic, particularly the mechanisms that allow the host cell to exploit its intracellular microalgae. Here, using a combination of single-cell structural (3D electron microscopy) and chemical imaging (nanoSIMS, synchrotron X-ray fluorescence), we show how the host reconfigures the photosynthetic machinery and metabolism of its microalgae. Within the host, photosynthetic efficiency is enhanced and the volume of algal cells increases up to ten times with a higher number of chloroplasts. Subcellular mapping of nutrients and N/P ratios shows that symbiotic microalgae are limited in phosphorous, and are transformed into an energy-acquisition machinery. The host also supplies a substantial amount of metals (iron and cobalt) that are stored in high concentration in algal vacuoles. Overall, this study sheds the light on host mechanisms to engineer microalgae in the oceanic plankton. In the near future, we plan to conduct transcriptomics, proteomics and metabolomics studies to better understand the symbiotic interaction, and compare with other photosymbiosis models in freshwater habitats, such as the ciliate Paramecium with the green alga Chlorella.

      Lieu : Salle des séminaires - bâtiment 26 - campus de Gif-sur-Yvette


  • Biologie Cellulaire

    • Vendredi 11 octobre 11:30-12:30 - Paola DEFILIPPI - Università degli Studi di, Torino, Italie

      Séminaire Paola DEFILIPPI


  • Virologie

    • Vendredi 20 septembre 11:00-12:00 - Quentin NEVERS - Institut Pasteur, Paris

      IFITM proteins inhibit cell-cell fusion mediated by endogenous retroviral envelopes

      Lieu : Salle des séminaires - Bâtiment 14C, Campus de Gif-sur-Yvette


  • B3S

    • Mardi 24 septembre 11:00-12:00 - Joanna Timmins - IBS, Univ. Grenoble Alpes, CNRS, CEA

      Nucleoid organisation and dynamics in Deinococcus radiodurans

      Résumé : In all organisms, genomic DNA is compacted several orders of magnitude and yet must remain accessible for essential DNA-related processes. Using a combination of biochemical, biophysical and advanced imaging approaches, we have explored the nucleoid organization in Deinococcus radiodurans, a relatively large, spherical bacterium, well-known for its exceptional radioresistance. This work has revealed that its nucleoid is highly compact, but also surprisingly dynamic, adopting various configurations, including the previously described toroid. A major player in the organization of bacterial nucleoids is the highly abundant histone-like HU protein that largely coats the genomic DNA. We have investigated HU’s mode of DNA binding and its ability to condense the genomic DNA. Taken together, these findings demonstrate that bacterial nucleoids are tightly regulated by cell shape and cell cycle progression, and suggest that the HU protein plays a key role in this process.

      Lieu : Salle de conférence - Bat 144, Campus CEA Saclay


  • cytoskeleton club

    • Mardi 8 octobre 11:30-12:30 -

      Cytoskeleton club - canceled

      Lieu : Bibliothèque - bât. 34



  • Microbiologie

    • Lundi 23 septembre 14:00-17:00 - Joy Lachat - Equipe Interactions Plantes-Bactéries, I2BC

      Identification des facteurs de résistance aux peptides antimicrobiens et de colonisation de l’insecte Riptortus pedestris chez la bactérie symbiotique Burkholderia insecticola

      Résumé : L’insecte phytophage Riptortus pedestris, appartenant au sous-ordre des Hétéroptères, est un ravageur notoire de cultures agricoles en Asie du sud-est qui se nourrit préférentiellement de plants de soja. Cette punaise est associée à une bactérie symbiotique du genre Burkholderia nommée Burkholderia insecticola, localisée dans une région spécifique de l’intestin de l’insecte appelée la région M4. Cette région M4, organisée en cryptes, constitue l’organe symbiotique dans lequel le symbiote prolifère de manière extracellulaire. Cette interaction favorise la croissance et le développement de la punaise. Récemment, il a été montré que Riptortus produit des peptides antimicrobiens au sein des cryptes, appelés “crypt-specific cysteine-rich peptides” ou peptides CCR pour lesquels le symbiote est particulièrement résistant. Il a été proposé que les peptides antimicrobiens de l’hôte, incluant les peptides CCR, participent à la colonisation spécifique de l’organe symbiotique par B. insecticola. Dans ce travail, une approche Tn-seq a été utilisée pour identifier les gènes bactériens impliqués dans la résistance aux peptides antimicrobiens et dans la symbiose. Dans un premier temps, la robustesse de la méthode Tn-seq a été évaluée en identifiant le génome essentiel de B. insecticola. Puis dans un second temps, les facteurs bactériens impliqués dans la résistance aux peptides antimicrobiens ont été caractérisés via une approche gènes-candidats et l’approche Tn-seq. Dans une dernière partie, une expérience de Tn-seq in vivo a permis d’évaluer l’ampleur du goulot d’étranglement sur la population symbiotique lors de l’infection de l’organe symbiotique et d’identifier les facteurs symbiotiques impliqués dans la colonisation de R. pedestris.

      Lieu : Bibliothèque - Bâtiment 34, campus Gif-su-Yvette


    • Lundi 30 septembre 14:00-17:00 - Anna Maikova - Equipe ARNs régulateurs chez les Clostridies, I2BC

      The CRISPR-Cas system of human pathogen Clostridium difficile : function and regulation

      Résumé : Clostridium difficile (the novel name – Clostridioides difficile) is a Gram-positive, strictly anaerobic spore forming bacterium, found in soil and aquatic environments as well as in mammalian intestinal tracts. C. difficile is one of the major pathogenic clostridia and a key public health issue associated with antibiotic therapy in industrialized countries. Since the last decade the number of severe infection forms has been rising due to emergence of the hypervirulent and epidemic strains as ribotype 027 R20291 strain. Many aspects of C. difficile pathogenesis remain poorly understood. During the infection cycle C. difficile survives in bacteriophage-rich gut communities possibly by relying on some special systems that control the genetic exchanges favored within these complex environments. During the last decade, CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems of adaptive prokaryotic immunity against exogenic genetic elements has become the center of interest among various anti-invader bacterial defense systems.
      Previous studies revealed the presence of abundant and diverse CRISPR RNAs in C. difficile. C. difficile has an original CRISPR-Cas system, which is characterized by the presence of an unusually large set of CRISPR arrays (12 arrays in the laboratory 630 strain and 9 in the hypervirulent R20291 strain), of two or three sets of cas genes conserved in the majority of sequenced C. difficile genomes and the prophage location of several CRISPR arrays. However, the role CRISPR-Cas plays in the physiology and infectious cycle of this important pathogen remains obscure.
      In the present PhD thesis, the experimental evidence for CRISPR system functionality in C. difficile is provided. Through plasmid conjugation experiments we demonstrate the defensive functions of CRISPR-Cas system in both reference and epidemic C. difficile strains and its adaptive function in reference strain. Additionally, the general functional protospacer-adjacent motif (PAM) consensus was determined using PAM libraries experiments. The role of multiple cas operons in C. difficile CRISPR functionality was also demonstrated.
      New aspects of the regulation of C. difficile CRISPR-Cas system expression and function were explored. This work demonstrates the link between C. difficile CRISPR-Cas system and a new type I toxin-antitoxin system, as well as a possible co-regulation under biofilm and stress conditions of CRISPR-Cas system and these toxin-antitoxin modules. Furthermore, a possible role of c-di-GMP in regulation of C. difficile CRISPR-Cas system was defined.
      Additionally, the utilization of endogenous C. difficile CRISPR-Cas system as a novel tool for genome editing in C. difficile was described.
      Altogether, the obtained data highlight the original features of active C. difficile CRISPR-Cas system and demonstrate its biotechnological potential.

      Lieu : Auditorium I2BC - Bâtiment 21, Campus de Gif-sur-Yvette


    • Lundi 30 septembre 14:00-17:00 - Céline Aubry - Equipe Microbiologie Moléculaire des Actinomycètes, I2BC

      Vers la biosynthèse combinatoire d’antibiotiques pyrrolamides chez Streptomyces.

      Résumé : Depuis plus de 80 ans, le métabolisme spécialisé nous fournit de nombreuses molécules utilisées en médecine, en particulier comme anti-infectieux. Aujourd’hui, avec l’augmentation mondiale de la résistance aux antimicrobiens, de nouveaux antibiotiques sont indispensables. Une des réponses à cette pénurie grave pourrait provenir de la biologie synthétique. Dans le domaine du métabolisme spécialisé, la biologie synthétique est utilisée en particulier pour la biosynthèse de métabolites non naturels. Parmi les métabolites spécialisés, les peptides non ribosomiques constituent une cible attrayante, car ils nous ont déjà fourni des molécules à haute valeur clinique (ex. les antibiotiques vancomycine et daptomycine). De plus, la plupart sont synthétisés par des enzymes multimodulaires appelées synthétases de peptides non ribosomiques (NRPS), et sont diversifiés davantage par des enzymes de décoration. Ainsi, ces voies de biosynthèse se prêtent particulièrement à la biosynthèse combinatoire, consistant à combiner des gènes de biosynthèse provenant de divers groupes de gènes ou, dans le cas des NRPS, à combiner des modules ou domaines pour créer de nouvelles enzymes. Cependant, si plusieurs études ont établi la faisabilité de telles approches, de nombreux obstacles subsistent avant que les approches combinatoires de biosynthèse soient totalement efficaces pour la synthèse de nouveaux métabolites.
      Les travaux présentés ici s’inscrivent dans le cadre d’un projet visant à comprendre les facteurs limitant les approches de biosynthèse combinatoire basées sur les NRPS, en utilisant une approche de biologie synthétique. Nous avons choisi de travailler avec les NRPS responsables de la biosynthèse des pyrrolamides. En effet, ces NRPS sont constitués uniquement de modules et de domaines autonomes, et donc particulièrement adaptés aux manipulations génétiques et biochimiques. La caractérisation du groupe de gènes de biosynthèse du pyrrolamide anthelvencine constitue la première partie de cette thèse et nous a fourni de nouveaux gènes pour notre étude. La deuxième partie a consisté à construire de vecteurs intégratifs modulaires, outils essentiels pour la construction et l’assemblage de cassettes génétiques. La dernière partie présente la reconstruction du groupe de gènes du pyrrolamide congocidine, basée sur la construction et l’assemblage de cassettes de gènes synthétiques. Dans l’ensemble, ces travaux ouvrent la voie à de futures expériences de biosynthèse combinatoire, expériences qui devraient contribuer à une meilleure compréhension du fonctionnement précis des NRPS.

      Lieu : Salle Kalogeropoulos - Bâtiment 400, Campus d’Orsay


  • B3S

    • Mardi 24 septembre 14:00-17:00 - Jingqi DAI - Equipe Enveloppe Nucléaire, Télomères et Réparation de l'ADN, I2BC

      Mécanisme moléculaire de l’endonucléase Mlh1-Mlh3 dans la voie de réparation des mésappariements de l’ADN et dans les processus de recombinaison en méiose

      Lieu : amphithéatre Bloch - Orme des Merisiers (CEA, accès libre)

      Notes de dernières minutes : Accès amphithéatre :


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