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10 septembre 2018: 1 événement

  • Département Biologie des Génomes

    Lundi 10 septembre 11:00-12:00 - Sander Granneman - Centre for Synthetic and Systems Biology (SynthSys) University of Edinburgh

    Post-transcriptional regulation of adaptive responses in microorganisms

    Résumé : Work in my lab is focusing on understanding how microorganisms manage to rapidly adapt (and even thrive) to sudden changes in their environment. Many pathogenic species have developed very sophisticated mechanisms to efficiently scavenge essential nutrients from the host environment and even evade the immune system.
    We hypothesize that this successful rapid adaptation program is underpinned by the ability of the microorganism to very rapidly remodel its gene expression profile.
    Obviously, transcription factors largely dictate which genes are switched on and off during adaptive responses. However, it is becoming increasingly clear that post-transcriptional regulation plays a key role in this process by shaping gene expression profiles. Small non-coding RNAs (sRNAs) and RNA-binding proteins (RBPs) are believed to play a crucial role in post-transcriptional regulation by modulating the translation efficiency and stability of mRNA targets. However, for the vast majority their function is unknown, underscoring the need for a thorough analysis of these molecules.
    Over the years my group has developed a number of powerful high-throughput methods that enable us to unravel post-transcriptional regulatory networks controlled by non-coding RNAs and RBPs. Our initial studies in yeast uncovered a novel role for RBPs in co-transcriptionally controlling the expression kinetics of stress-responsive genes as well as targets for thousands of bacterial sRNAs. We are currently expanding our research into pathogenic bacteria. Collectively, our data provide intriguing insights into how non-coding RNAs and RBPs are employed to fine-tune gene expression in response to stress. Results from these studies will be presented.
    Contact : ROUGEMAILLE Mathieu <Mathieu.ROUGEMAILLE i2bc.paris-saclay.fr>

    Lieu : Bibliothèque- bâtiment 34 - Campus CNRS de Gif-sur-Yvette

    Notes de dernières minutes : Demo of the Vari-X-linker will follow (14h ) at CEA Saclay (building 144). Contact Mathieu for participation. Be careful CEA requires authorization to enter the campus

    En savoir plus : Département Biologie des Génomes

10 septembre 2018: 1 événement

  • Département Biologie des Génomes

    Lundi 10 septembre 14:00-17:00 - Wenfeng LIU - Signalisation et Réseaux de Régulations Bactériens

    ARN régulateurs et adaptation aux antibiotiques chez Staphylococcus aureus

    Résumé : Staphylococcus aureus est un agent pathogène opportuniste responsable d’infections communautaires et nosocomiales pour lesquelles les traitements sont compliquées du fait de l’émergence de souches multi-résistantes. L’adaptation rapide de S. aureus à de multiples conditions de croissance contribue à sa virulence ; elle dépend de nombreux facteurs incluant la régulation des petits ARN (ARNrég). Nous avons réalisé une étude précise de tous les petits ARN de la souche modèle HG003, un dérivé de la souche NCTC8325 couramment utilisé pour les études de régulation génétique chez S. aureus. C’est une tâche complexe qui est essentielle pour réaliser des études moléculaires et fonctionnelles. Nous avons trouvé environ 50 authentiques (bona fide) petits ARN, un nombre beaucoup plus faible que précédemment rapporté. Comme la plupart des ARNrég contribuent à une « régulation fine » de l’expression génique, les phénotypes dépendants des ARNrég sont généralement difficiles à détecter. Cependant, ces phénotypes peuvent apparaître comme un caractère important après plusieurs générations sous une pression sélective. Nous avons développé une stratégie expérimentale pour mesurer l’évolution de la quantité de mutants d’ARNrég dans une population de mutants de S. aureus. Nous avons construit une collection de quatre-vingts mutants d’ARNrég dans la souche HG003. Chaque gène d’ARNrég est remplacé par une séquence d’ADN « code-barres » spécifique pour l’identification des mutants. La bibliothèque de mutants est cultivée dans différentes conditions de croissance, les codes-barres sont amplifiés par PCR et comptés par séquençage massif. Nous pouvons ainsi déterminer les mutants qui diminuent ou s’accumulent pendant une condition de stress et inférer une fonction à certains ARNrég. L’utilisation d’amorces spécifiques permet de multiplexer 50 conditions expérimentales. Nous nous sommes posés la question suivante : les ARNrég de S. aureus participent-t-ils à la résistance aux antibiotiques ? Dans ce mémoire, nous présentons des données en utilisant la méthode décrite ci-dessus. La bibliothèque de mutants d’ARNrég a été testée en présence de 10 antibiotiques ciblant les enveloppes, la synthèse des protéines, la réplication de l’ADN ou la synthèse de l’ARN. Plusieurs mutants sont affectés par les conditions de croissance testées. Par exemple, la proportion du mutant sau6836 augmente considérablement en présence de vancomycine et est réduite en présence de flucloxacilline, cloxacilline ou céfazoline. La proportion du mutant ARNIII-agr augmente progressivement en présence de gentamicine, de linézolide et de clindamycine. La proportion de mutant d’ARN 6S diminue significativement en présence de rifampicine. Il est important de noter que l’ARN 6S et la rifampicine ciblent l’ARN polymérase. L’ARNrég RsaA est un régulateur des autolysines dont l’absence affecte la survie en présence de ciprofloxacine. Ces exemples illustrent la puissance des expériences de compétition pour identifier les phénotypes dépendants des ARNrég et révèlent que plusieurs ARNrég contribuent à moduler la résistance aux antibiotiques.

    Lieu : Salle A. Kalogeropoulos, Bat400 - Campus Université Paris-Sud

    En savoir plus : Département Biologie des Génomes